也有人指出，建文帝自焚身亡是历史真实，因为当时燕军兵临城下，把紫禁宫团团围住，建文帝想逃也来不及了，更何况经考查也无鬼门、御沟逃路。建文帝也深知他的四叔是个贪权无厌、残暴无情的武夫，落在他手里决无好下场，不如以死了之为上策。燕王朱棣也绝不会让建文帝活下去，否则，他就不能当皇帝。朱棣为了不留下“杀侄夺位”之臭名，故意苦心寻找建文帝下落，留下了历史疑案，这可能是朱棣的用心之机。

　　综上，朱棣在即位后，下令搜寻建文帝，这是历史事实。但他的真实用心及建文帝的真正下落，至今仍是一个未揭开的历史之谜。各类词书字典，也只好注明;“建文帝不知所终”。虽然朱棣宣称在宫中找到建文帝的尸体，并为他举行葬礼，但朱棣对建文未死的传言不敢掉以轻心。溥洽是建文帝主录僧，《明史·姚广孝传》记载“初，帝入南京，有言建文帝为僧遁去，溥洽知状，或言匿溥洽所。帝乃以他事禁溥洽。而命给事中胡濴等遍物色建文帝，久之不可得。溥洽坐系十余年。”直到姚广孝病危时请求朱棣释放溥洽，溥洽才获释。

　　有野史记载，建文帝离宫后出家为僧，云游四方。有诗云：“阅罢楞言磐懒敲，笑看黄屋寄团瓢。南来嶂岭千层迥，北望天门万里遥。款段久忘飞凤辇，袈裟新换衮龙袍，百官此日知何处。唯有群鸟早晚朝。”传言此诗作者是建文帝，但未证实。

　　另有一说建文帝逃到东南亚，野史传闻郑和下西洋其中任务之一便是寻找建文帝。

　　2006年6月，有学者发现怀疑是建文帝的踪迹。新华网引述江西省学者官涛称，建文帝在“靖难之变”后与随从在江西三清山隐居，并化名为“詹碧云”的全真道人，死后葬于其兴建的三清宫内。

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