执行这一决定自然需要依靠法律政令，和清朝建州女真入关后的“剃发令”如初一辙，于是焚书令随之出台，如果私藏禁书，抗拒不交的，后果为“令下三十日不烧，黥为城旦。”也就是要接受黥面和修筑长城的劳役的处罚，在刑罚严酷的秦朝，算的上轻刑了，并不严厉;“如敢议论诗书者，弃市”，就是掉脑袋。“以古非今者，族”，也就是更为更为严重的满门抄斩。和私藏罪比起来议论的刑罚严重的多的多。由此可见，焚书这件事的最大目的还是限制言论自由，国家刚刚统一对于统治者而言最怕的也就是这个。

　　另一方面，除了民间私藏的，当时帝国所有的书籍，包括明令烧毁的在内，在政府图书馆中都留有完整的备份，只要秦帝国存在千秋万世，理论上这些书都应该一直完好地保存下去。然后，诸多古籍湮灭无踪，后世永不得复见，这却要特别感谢我们的项羽先生。众所周知，项羽先生是习武不爱读书的，生性爆戾，其肩负着“楚虽三户亡秦必楚”的历史重担，以第二名的骄傲战绩攻入咸阳之后，先是屠城，然后烧杀抢掠，临走一把大火，烧尽秦王宫室，大火三月不灭。整个国家珍贵的古籍藏书，就此付之一炬。

　　所以刘大魁在《焚书辨》中毫不客气地指出：书之焚，非李斯之罪，实项羽之罪也。

　　单就秦国焚书而言，其所引起的实际损失，可能也并没有像想象的那样严重。《汉书-艺文志》所载677种著作，其中约有524种，即77%，现在已不复存在。这个事实说明，汉以后的几个世纪，特别在印刷术流行前，文献损坏所造成的总的损失，也许甚至大于秦代的焚书。因此，可以想象，即使没有焚书之事发生，传下的周代的残简也不可能大大多于现在实际存在的数量。

　　另外关于焚书，李斯也并非始作俑者。前此孟子有云：诸侯恶周礼害己，而皆去其典籍。《韩非子》也云：商君教孝公燔诗、书而明法令。说明之前很多人都因为讨厌那些老顽固们借古非今干过这事。

　　以满清为例，大兴文字狱，倒霉的便不仅是书，更包括了著书者和藏书者。因触犯忌讳，生者凌迟杖毙，诛灭三族，死者剖棺戮尸，挫骨扬灰，如此案例已是不胜枚举。仓颉造字而鬼神哭，莫非鬼神早有先见，知有满清之劫，故而预为号恸乎?

　　文字狱之兴起，正值所谓的康乾盛世，持续近百年，时间之长，祸害之烈，株连之多，处罚之惨，力度之大，实属空前。

　　仅1772至1788年的乾隆文字狱，所列的2320种禁书和其他345种部分取缔的书中，只有476种幸存，不到所列数的18%，而这还是发生在印刷术业已普及的情况之下。

　　满清在焚书禁书之余，却也修书，即《四库全书》。然而，这其中又有猫腻。说起来，他们用的也是春秋笔法，寓褒贬于字里行间。但他们褒的都是谁呢?不仅他们自己，连过去的契丹、女真、蒙古、辽、金、元等，也一并褒赞在内。八杆子都打不着的关系，他们何必做这份人情?原因很简单，他们有一个最大的共同点，那就是对华夏而言是异族，是侵略者。而在编纂过程之中，对那些反映民族矛盾、民族压迫和汉民族战斗精神的作品，则是尽量摒弃和抽毁，对于不能不收录的名家名作，则大肆篡改。比如，岳飞《满江红》的名句，“壮志饥餐胡虏肉，笑谈渴饮匈奴血”，经过删改之后，变成了“壮志饥餐飞食肉，笑谈欲洒盈腔血”。

　　对此，鲁迅先生曾评价道，“单看雍正乾隆两朝的对于中国人著作的手段，就足够令人惊心动魄。全毁，抽毁，剜去之类也且不说，最阴险的是删改了古书的内容。乾隆朝的纂修《四库全书》，是许多人颂为一代之盛业的，但他们却不但捣乱了古书的格式，还修改了古人的文章;不但藏之内廷，还颁之文风较盛之处，使天下士子阅读，永不会觉得我们中国的作者里面，也曾经有过很有些骨气的人。”于是有叹，“清人纂修《四库全书》而古书亡。”