明朝燕王朱棣是在1399年登基的。

在明朝开国皇帝朱元璋去世后，其长子朱标继位，即明惠帝。然而，朱标并不是一个出色的皇帝，他没有继承他父亲的能力和决断力，使得朝廷逐渐陷入了混乱和腐败的状态。此时，明朝还有另外一位皇子——朱棣。

朱棣是朱元璋的第四个儿子，他在年轻时就展现出了惊人的才华和领导能力。然而，由于朱标的嫉妒和防范，朱棣一直被监禁在京城。直到1399年，朱标去世后，朱棣终于得以出狱，并在南京发动了一场政变。

在这场政变中，朱棣成功地击败了明惠帝的支持者，并最终登上了皇位，成为了明朝的第三位皇帝——永乐皇帝。永乐皇帝是明朝历史上最为杰出的皇帝之一，他在位期间实行了一系列的改革和政策，使得明朝达到了顶峰时期。

总的来说，明朝燕王朱棣是在1399年登基的。他的登基不仅标志着明朝历史的一个转折点，也为明朝带来了新的生机和活力。