经过
陕北举义
陕西长期以来是全国社会矛盾的焦点，明朝藩王对农民横征暴敛，农民生活比其地区更为困苦，阶级矛盾尖锐。这一地区又是蒙、汉、回民杂居地区，是激烈的民族争场所，各族人民与明朝统治者矛盾很深。因此，陕西地区成为最早酝酿和爆发农民争的地区。在这种社会条件下，以陕西为中心，全国各地农民起义，士兵兵变，手工者罢矿不断发生，为明末农民战争准备了必要条件。
李自成从小就因欠债被迫给姓艾的地主牧羊。后在银州(现米脂县)当一名驿卒。21岁那年，他打伤了地主，逃到甘肃甘州(今张掖市甘州区)投军。 当时，全国到处都有农民起义爆发。
天启七年(1627年)三月，陕西大旱，澄城知县张斗耀不顾饥民死活，仍然催逼税，敲骨吸髓地榨取农民。白水饥民王二聚集了数百个无法活命的农民进行斗争，他声问大家：“谁敢杀死知县?”大家异口同声地说：“我敢杀。”于是王二率饥民冲县城，杀死张斗耀，揭开了明末农民战争的序幕。
烽火遍地
王二首义后各地纷纷响应。天启八年(1628年)，陕府谷王嘉胤、汉南王大梁、安塞高迎祥等领导饥民起义，全陕响应。张献忠也在延安米脂起义，自成后来投入高迎祥军中。 这一时期最有影响的是王嘉胤义军，他们曾经一度占领府谷称王设官，建立了临时性革命政权。但是，农民起义军没有统一指挥，各自为战，而成份复杂，缺乏推翻明朝政权的明确目标，就全国范围来看还处于战略防御态势。
崇祯元年(1628年)七月，王嘉胤、杨六、不沾泥等在陕西府谷等地首举义旗，从崇祯元年至崇祯三年间，高迎祥、张献忠、李自成等先后起义，陕境共有义军100余部。千部官军边兵，因缺饷哗变，亦加入义军，并成为骨干。此时义军作战，自发性、盲目性强。明廷令三边总督杨鹤采用“剿抚兼施、以抚为主”的战略。但明廷无力养活大批饥民，已就抚者，纷纷再起。杨鹤为此入狱，洪承畴继督陕西，改用“以剿坚抚，先剿后抚”方针，集中兵力进攻陕西义军。
各部义军先后东进，李自成、张献忠约在1630年前后也加入了起义军的队伍。崇祯三年(1630年)，张献忠在陕西米脂十八寨起义，自称“八大王”。李自成也杀死贪官造了反，在高迎祥领导的起义军中当“闯将”。
时挫时勇
陕北起义震惊了明朝统治者，崇祯帝准备利用剿抚兼施的策略尽快平息农民起义三边总督杨鹤执行以抚为主，以剿为辅的政策，企图瓦解农民革命。在明军剿抚兼施攻下，陕西战场义军除壮烈牺牲外，不少首领接受了朝廷招安，呈现出时降时叛的复局面。
崇祯四年(1631年)至崇祯六年(1633)，为避开明军主力，王嘉胤率军入晋，起义中心转移到山西。作战亦由极度分散，各自为战发展为相对集中，互相呼应。王嘉胤牺牲后，王用联合高迎祥、张献忠、李自成、罗汝才等部20余万人，号称36营，一度破大宁、隰州、泽州、寿阳等城。在山西继续战斗，农民起义军由分状态进入协同作战阶段。
崇祯六年(1633年)冬，王自用作战牺牲，起义军在高迎祥领导下与明军展开了激烈博斗，损失较大。高迎祥、张献忠、罗汝才、李自成等24营10余万人突破官军包围，转移到明军力量薄弱的豫西楚北，以郧阳为中心，分部来往穿插于豫楚川陕之间，利用官军分兵守境，互不协同的弱点，进行游击性质的流动作战。与明军周旋，明军不得不分把守要隘，穷于追剿，陷入战线过长，兵力分散的困境。义军势力壮大，宣告了明朝招抚政策破产，明廷为改变“事权不一、相互观望”之被动局面，改用“集中兵力，全面围剿”方针。
崇祯七年(1634年)，以陈奇瑜为五省总督，统一指挥陕晋豫川及湖广官军，由四面分进合击，企图一举尽歼各部义军。义军相继转进汉中，围剿落空。明思宗撤陈奇瑜，以洪承畴继任五省总督。当其调动官军入陕，重新组织围攻时，除李自成仍坚持流动于陕甘外，其他各部再次转进河南。洪承畴为改变被动局面以重兵包围起义中心地区，洪承畴率主力出关追击。实施重点进攻，高迎祥义军接连败于确山、朱仙镇(今开封市西南)等地，连连受挫，被迫转入西部山区。
鏖战中原
崇祯八年(1635年)，明朝派洪承畴出陕西，朱大典出山东，两面夹攻起义军。起义军深深感到，只有联合作战才有力量，各路起义军会师于河南荥阳，共13家，72营，在一起共商对敌之策。 义军分三路分进：一部西返陕西，一部北进山西，一部东入凤阳(参见凤阳之战)，焚毁皇陵。
高迎祥、张献忠等乘官军被牵制于陕之机，三度进入河南。明廷认识到在义军流动作战情况下，全面围剿，势难成功，又改用分区负责，重点进攻的方针。以卢象升为五省总督，专治中原;洪承畴专治西北，各自负责，相互协同。当年冬及九年春，高迎祥、张献忠在河南连续失败，兵力损失过半，残部再返陕西。此时，李自成在兴平等地亦多次失利。明廷为加强陕西攻势，令孙传庭全力进攻汉中的高、张各部，令洪承畴专力进攻陕北的李自成等部。七月，高迎祥在盩厔(今陕西省周至县)遭到陕西巡抚孙传庭埋伏被俘牺牲，余部走归李自成。此时，清军入边，破昌平等16城，朱由检急调卢象升率军驰援，中原压力减轻。张献忠乘机复起，联合罗汝才等部20余万人，沿江东进，分散活动于蕲州、霍山一带。
高迎祥牺牲后，起义军逐渐形成为两支劲旅，一支由张献忠领导，活动在湖北、徽、河南一带;另一支由李自成领导，活动在甘肃、宁夏、陕西一带。
崇祯十年(1637年)，明思宗朱由检再命熊文灿为五省总理，并增派禁军1200人，组织新的围剿。李自成进军四川，一度破城十余座，但在崇祯十一年(1638年)返陕时在洪承畴优势兵力围攻下，起义军蒙受了很大损失。 李自成兵败梓潼，守岷州(今甘肃岷县)、临洮。同年，在洮河一带遭洪承畴及孙传庭军袭击，败走岷州。与此同时，张献忠在南阳、麻城亦为左良玉军击败，负伤退谷城。熊文灿遂改围剿为招抚。刘国能、张天琳、张献忠、罗汝才，先后降明或就抚。为保存起义军力量，李自成率残部活动于川陕边境山区，农民起义陷入低潮。崇祯十一年(1638年)九月，清军两路入边，京师戒严，洪承畴、孙传庭率军入卫，西北官军减少。
张献忠经过一年休整，于崇祯十二年(1639年)，联合罗汝才、张天琳等先后再起，破房县、保康，在罗猴山(今湖北竹山县东南)歼灭明军主力左良玉部。朱由检杀熊文灿，派兵部尚书杨嗣昌督军进剿。
崇祯十三年(1640年)初，罗汝才曾在香油坪击败官军，但不久与张献忠先后败于玛瑙山及夔州，被迫转进四川。杨嗣昌率主力追击入川。李自成乘机于十一月进入河南，迅速发展为数万人。农民军首义至此时，优势官军始终处于战略进攻地位，农民军则处于反围剿、求生存的地位。各部时分时合，忽东忽西，寻找空隙及薄弱点进行袭击，以调动疲惫敌人，在有利时机，形成战役战斗上的局部优势，出其不意打击削弱敌人，在战斗中保存并发展自己。
入京灭明
经过十三年的游击流动的作战，逐渐集中，至崇祯十三年(1640年)底，汇合为以李自成、张献忠、罗汝才为首的几支农民军。在多次反复起伏的战争实践中，渐趋成熟。特别是李自成，吸取知识分子意见，开始实施“行仁义，收人心”，“据河洛，取天下”的战略。政治上实施“免粮”、“安民”、“平买平卖”政策并大力开展瓦解敌人的宣传工作，形成“民皆附贼而不附兵”的局面，军事上实施运动流动作战，开始向盲军战略要点进行机动进攻。
崇祯十四年(1641年)年初，攻占洛阳。李自成夺取洛阳后，收缴了一批武器辎重，大大改善了农民军的装备，并使自己拥有了一支装备精良的部队。他没收了福王府中金银财货和大批粮食物资，发布告示开仓济贫，大赈饥民，令饥民远近就食。李自成张献忠相继攻占洛阳、襄阳，宣告了明朝围剿政策的破产。张、罗联军在四川大败官军于开县黄陵后，以一夜300里之速度，摆脱追击官军，于二月间返楚袭破襄阳(参见襄阳之战)，杨嗣昌畏罪自杀。罗汝才因意见不合走附李自成。张军在信阳战败，转进安徽。李自成在崇祯十四(1641年)至崇祯十六年(1643年)间，三攻开封(参见开封之战)，五歼官军主力，攻破襄阳，并在汝州之战中全歼孙传庭主力：破潼关，入西安，尽占秦、陇全境及晋西山区，并收编大部三边官军。此时，张献忠亦已攻下汉阳、武昌。战略形势发生质变，农民军开始转入战略进攻。
崇祯十七(1644年)年初，李自成在西安建立大顺政权后，即向北京进军。二月入山西，仅在宁武一战，即破太原等地。三月，大同、宣府、居席降，迫至京师城下。十七日，官军三大营先降，十八日，守城太监开门献城，十九日，破皇城，朱由检自缢，明王朝的统治被农民起义推翻。张献忠部亦于当年八月攻占成都，建立了大西政权。
南下抗清
李自成进京后，面临的形势是如何消灭明朝残余势力，其中力量最强的是盘踞在山海关的宁远总兵吴三桂。吴三桂本待归降大顺，崇祯十七(1644年)四月初，忽闻大顺军在北京逮捕明勋戚大臣严刑追赃助饷及自身家眷被拘的消息后，击走唐通，部署防御，并向关外清军乞兵。与清军联合镇压起义军。四月，李自成亲率大军攻打吴三桂，在山海关激战(参见山海关之战)。在满汉军队联合进攻下，李自成失败，撤回北京。二十九日匆忙称帝，建国大顺，次日退出北京。李自成撤出北京后，有计划地实施战略退却，将北京城劫掠一空，经山西平阳、韩城进入西安。
清军在顺治元年(1644年)冬分兵两路进攻西安，次年正月潼关失守，李自成从西安经襄阳进入武昌。顺治三年(1646年)，清军由陕南入川，攻打大西军，张献忠于次年七月撤离成都，北上与清军作战，十一月牺牲在凤凰山(今四川南溪县北)。
面对清军的南下，大顺军余部出现在抗清斗争最前线。李自成于弘光元年(1645年)五月战死于九宫山后，他的余部分为二支，一路由郝摇旗、袁宗第、李来亨等领导，活动在洞庭湖一带及湖北兴山地区;另一路由李过、高一功领导，活动在湘鄂赣地区。与明湖广总督何腾蛟、明湖北巡抚堵胤锡联合抗清。
张献忠阵亡后，以其义子孙可望、李定国、刘文秀、艾能奇等人为主的大西军余部自顺治四年(1647年)应黔国公沐天波之约入滇平定土司叛乱;大西军余部占据滇黔二省全境，川省一部。
1652年永历政权接受孙可望和李定国联合抗清的建议，定都安龙府。不久，以大西军余部为主体的明军对清军展开了全面反击。
起义失败
虽然农民军和南明政权联合一起抗清，但是南明内部各派政治势力互相攻讦，农民军也倍受排挤打击，不能团结对敌，这就给了清军以喘息之机。
顺治六年(1649年)，清军南下，何腾蛟在湘潭被俘，六天后在长沙被杀。次年清军重新占领湖广，其他刚刚收复的失地也相继丢掉。明军在四川、湖南、福建三个战场上没能扩大战果，陷入了与清军相持的局面。顺治十三年(1656年)，孙可望秘谋篡位，引发了南明内讧，李定国拥永历帝至云南，次年大败孙可望，孙可望势穷降清。孙可望降清后，西南军事情报尽供清廷，滇黔虚实尽为清军所知。清军集中兵力镇压农民军，顺治十六年(1659年)正月，清军下昆明，占据云南，永历帝逃亡缅甸，二月，吴三桂及赵布泰、尚善等率清军与李定国部战于滇西磨盘山。这实际上已标志着南明灭亡，此时南明在中国境内已无任何立足点。
康熙元年(1662年)四月十五日，永历帝与其子朱慈煊被吴三桂绞杀于昆明;李定国在真腊得知永历帝死讯，亦忧愤而死。康熙三年(1664年)八月，夔东十三家抗清失败，李来亨全家自焚，明朝在大陆的抵抗结束，明末农民军余部完全失败。