历史评价
正面
明末农民战争是中国古代历史上时间最长、规模最大、斗争最尖锐、对后世影响也最深远的一次农民战争。
明末农民战争最典型的战术是流动作战，具有很大优越性，义军时分时合，神出鬼没，使明军疲于奔命。明军虽然在数量上占优势，但因督抚与武臣存在矛盾，军政腐败，军队没有战斗力，且分兵作战，在具体战役中往往只有起义军的几分之一，常常失败。
农民军在战略策略上运用恰当，渑池突围完成了战略转移，后来从流动作战转为阵地战，避免了不利条件，变被动为主动。起义军军纪严明，战斗力较强，与明军形成鲜明对比。
1949年后，传统的大陆史观认为，李自成领导的农民革命沉重地打击了地主阶级;遏止土地高度集中的发展，使得农民对地主阶级的人身依附关系有所松弛;起义中提出的“均田”口号，是唐宋以来农民战争的一个新发展，它直接触及了封建土地所有制，这在中国农民战争史上是第一次，标志着中国封建社会的农民战争已经进入了一个新的历史阶段。明末农民起义，为中国人民革命斗争史写下了光辉的一页。
负面
口号虚无
农民军到处散布“吃他娘，穿他娘，开了大门迎闯王，闯王来时不纳粮” 的口号，“均田免粮”这种极端平均主义、无政府主义的口号，只能进一步导致大顺军用拷掠追饷来筹集军费，以致在进军北京途中，特别是进入北京后，大肆对明朝的政要、权贵、富商、绅士等严刑拷打，勒索钱财，造成社会混乱，人心动荡。
而农民军均田口号不反映农民对土地的要求，只是要求减轻赋役而已。农民军的“割富济贫”政策，也“并不意味着农民阶级重新分配封建地主的土地”，而是分夺地主阶级的“浮财”，把地主的“粮食、金银、衣物等可动之产取来分别赈济贫民”。
明末农民军在武装斗争中能不能自觉地正面提出否定作为封建统治基础的封建土地所有制的问题，这一点一直值得后人关注，二十世纪六十年代初，史学界曾开展过一场关于明末农民军“均田”口号的讨论。有的学者怀疑明末农民军是否提出过“均田”口号，受时局影响更谈不上将其付诸实施。
所以“均田免粮”这一朴素口号除具有鼓动和号召民众的战时作用外，在当时的小农社会里到底有多大的实际意义，到底能持续多久，还需认真思考，不能将“均田免粮”的实施过于理想化。
罪行累累
部分学者指出，农民军迫于生计，反抗暴政值得称扬。但是有文献指出，农民军的烧杀抢掠比官军更加让人发指，虽然封建统治阶级所写的历史对农民军有污蔑，但是也无法掩盖农民军借着反抗官府的旗号在各地作恶的事实。例如张献忠在四川等地多施行暴政，屠城无数，几乎将四川人杀绝;而所谓纪律严明的李自成，在武关屠城;其所过之处，“凡有身家，莫不破碎;衣冠之族，骚然不得安生，甚则具五刑而死者比比皆是” 。他在攻破偃师后的屠城，受害者就大都是普通老百姓。
农民军所过之处，明朝皇族、亲王、郡王均在劫难逃。那些各地最壮丽的王府宫殿，在连绵全国的战争中，几乎无不灰飞烟灭。明朝太原总兵姜瓖亲见亲闻，农民军“凡所攻陷，劫掠焚毁，备极惨毒，而宗藩罹祸尤甚”;“云(今山西大同)之宗姓，约计肆千余，闯贼盘踞六日，屠戮将尽……。《南疆逸史》也说：“明之天潢，迨闯献之祸，屠戮几尽焉。”
农民军每到一地，首先捕杀皇族，从崇祯十四年至十七年，就有福王、唐王、崇王、岷王、代王、蜀王、楚王等数十个显贵王爷被农民军整家杀掉。至于郡王及将军之下，被杀的更是不计其数。就这样数以百万计的明朝宗室皇族遭到惨无人道的灭绝性屠杀。比如山西，农民军在平阳杀了西河王一族三百余人，在太原先杀了晋王一族中高级皇族四百余人，后又捕杀了中底层宗人千余，而在大同则杀了代王一系4000多名宗室。据统计，仅在山西一地，李自成就杀了朱元璋一万多名后代。山西一地仅是缩影。事实上，尽管李自成以不乱杀闻名，但是他兵锋过处，那些明朝皇族几乎没有活下来的。在攻克洛阳时，福王朱常洵被活剐与鹿血掺在酒中，名“福禄酒”，开怀畅饮。在襄阳，张献忠俘获襄王朱翊铭，尽管朱翊铭跪地乞生，而张献忠并没有放过他的家族。张献忠克武昌，俘获楚王朱华奎，将其活沉西湖，楚王宫殿楼阁近千间也被付之一炬。张献忠攻占常德，荣王宗室均被杀。攻克重庆，将蜀王朱常浩及其家人尽杀……。
在明末战乱之中，皇族的死亡率也创了社会各阶层之最。明末起义军诛戮明皇室成员，一个最大的特点是坚决、彻底。只要是朱元璋的后代，不论主动投降还是被动俘获，不论立地不跪还是苦苦求生，不论拒不交待藏宝地点还是痛痛快快地献出所有财富，结果都是一样：一律诛灭。史书中涉及王府在兵锋下的遭遇，所用的词都是“尽”、“皆”、“合族”。史家总结道：“凡王府宗支，不分顺逆，不分军民，是朱姓者，尽皆诛杀，在城乡绅，亦无噍类。 ”
在古代史书中，各种民间起事都被记作“盗贼”。当1949年后史学界研究历史其中许多方面都采用马克思主义阶级斗争学说的基本原理树立， 把“农民起义”至高无上的地位后，就将所有的“盗贼”一概理解为“起义”。其实这些盗贼中很多是在太平岁月聚众劫掠的大盗，破坏性极强，没有任何“起义”的纲领。