辽东都司作为明政府防御北方游牧政权和部落南下的军事指挥机构，其职权在明初洪武、永乐年间就发生了转变，从单纯的防御草原民族南下入侵防线的前沿，逐步转变为兼理地方军政、民政事务的管理机构。由单一的军事机关逐渐向军民行政合一的行政机关转变。后又随着行政机构的变化出现了职权逐步分离、削弱的情况。
一、辽东都司军事职权的形成
1、辽东都司的管理体系
辽东都司作为一个军事派出机构，军事职权是其首要职能。辽东都司作为一个地处边疆的军事机构，随时需要面对复杂的军事斗争形势，故其在军事职权上与内地的各都司有不同之处，在军事行动上的指挥权相对独立。辽东都司所辖地区地广人稀，且辽东资源丰富，所以在管理职能上辽东都司出现了许多内地都司和其他边疆都司未有的特点。辽东都司不是作为主要力量参与军事行动，但根据金山所处的
地理位置来看，纳哈出一旦受到攻击所逃遁的的方向无非是北遁以回归故主，或是转而向东南逃向朝鲜半岛。明政府绝对不会允许故元势力逃至朝鲜半岛，因此这次军事行动辽东都司应作为防止纳哈出向东南遁逃的防御主力进行布防，同时监视纳哈出军队的动向，配合北伐的军事行动。辽东都司在这次军事行动中虽然没有承担主要的指挥工作，但其作为独立的军事机构对此次军事行动进行配合。在朱元璋下达给冯胜的上谕中也并未提到让他节制辽东都司，可见这是辽东都司在朱元璋的指示下独立对北伐行动进行配合，其军事指挥权达到了顶峰。
2、都司军、政职权的扩大
明初虽在辽东设立了府州县一类的地方民政管理机构，但并未设省级民政管理机构进行管理，而此时辽东都司的主要责任还是负责地方军事事务的管理和防卫纳哈出的军事行动。此时辽东地方民政管理机构应由山东省级民政管理机构顺带管理。
《大明会典》载山东布政司管理辽东各仓，山东布政司本为山东省级民政管理机构，带管辽东表示明朝一直将辽东视为山东的管带地区，《大明会典》成书于万历年间，这种看法的出现很有可能是在洪武年间辽东不设省级民政管理机构，然而金、复、盖、海四州又存在府州县的基层民政管理机构，无法进行管理，故将这四州划拨到山东布政司带管。明初自辽东归降后所采取的二元行政管理机构的方法，从机构的设置上来说，民政管理机构就是不完善的，再结合辽东地区特殊的地理位置和形势，民政机构的废除便成为实现对辽东那个地区进行有效管理的必然。
二、都司军、政职权的分离
1、军事权力的削弱
虽然辽东总兵官成为常设军事长官始于永乐十二年(1414)，但若单纯的将辽东总兵官设置的时间片面的定于此，则有割裂历史演变的嫌疑。从职官演变的角度来看辽东总兵官的设置是在明代总兵官制度的逐步形成之下最终确立的。最初总兵官制度应该是高阶武将外出征伐、巡边的一种形式之一，这也基本符合洪武年间虽有总兵官这一临时性工作官职名称，但负责相关事务的高阶武将在外出执行时并不拘泥与是否被任命这一官职，更注意的是所携带的权力，所以洪武年
间有总兵官执行相关军事任务，也有无总兵官之名却行总兵官之权的诸多情况，辽东地区也遵循此例。
2、都司民政权力分离的开端
按察分司的另一项职责就是监督地方官吏。洪武初年曾设试佥事于各布政司，用来监督地方官员，废除试佥事后将此权力归属到按察分司
。洪武年间，以大将巡边或者通过派遣高阶武将负责辽东海运、督种屯田等措施对辽东都司的职官进行不定期的巡查，但这种监督形式很难作为定制进行长时段、定期的监督，洪武二十八年(1395)，随着辽东地区军事对峙形势解除，社会经济建设和边疆建设成为主要问题，而辽东地区不设州县，为了保证该地区刑狱审判的公正和监督
都司官员按照要求训练兵马、完善武备，需要设立专门的机构对其进行专项的监督。辽东无省级民政管理机构，无法单独设立按察分司，所以明中央政府根据辽东收复以来山东对辽东行履行过的种种义务，将辽东刑狱提点之权、官吏监督之权交给了山东按察分司。
辽东都司作为军事管理机构有一套自身的司法体系，即都司断事官—各卫镇抚的军事司法系统。在山东按察分司管理辽东刑狱之前，这一军事司法机构直接与五军都督府断事官对接。由于洪武二十八年(1395)辽东都司彻底兼并了所有的地区民政管理机构，自然这套司法系统机会由单一处理军人诉讼扩展到处理军、民案件。民事诉讼又归刑部和大理寺负责，山东按察分司辽海东宁道的设立就是为了解决将辽东民事案件的审结从都司司法体所的有案件中分离、整理出来，然后将其对接到刑部和大理寺。由于按察分司本身就有复查刑狱的权力，所以他在整理民事案件的同时肯定会对都司的军事司法系统审理过的所有案件进行复查，这样在一定程度上制约了都司军事司法系统的独立性。
三、山东布政司对辽东的带管
1、削弱辽东都司民政管理权
山东布政司既然负责统计辽东地区的人口数量，而且与山东本省人口数量合并上报，那么就它应该拥有对辽东地区的人口进行征税的权力，《大明会典》将辽阳税课司至于山东布政司条目下也就说明了这一点。明实录中并没有关于辽阳税课司的记载，这里提到的辽阳税课司应该就是洪武十四年(1381)设置的辽东税课司，辽东税课司隶属于辽东都司，负责对辽东地区商业行为征收税款，将其改隶属于山东布政使司，说明在洪武年间，随着山东布政使司对辽东都司人口管理权的运行，税收的权力也被划拨过去，这就削弱了辽东都司民政管理权的征税权。
2辽东各项的民政权力划拨到了山东相关机构
对于山东带管、分管辽东，不仅仅体现在户部山东清吏司上，刑部山东清吏司亦遵从此例。说明在洪武晚期关于辽东各项的民政权力在不同程度上的划拨到了山东相关机构来执行，它民政管理权的税收、人口等主要方面被分离了出来。虽然在《明实录》《大明会典》中有诸多关于山东布政司等机构带管辽东都司的记载，但这并不能掩盖辽东都司本质上是一个军事管理及机构，山东布政司等民事管理机构代管的不过是辽东都司治下的民事工作，而辽东地区的民事工作并非主要工作。根据上一部分对辽东地区人口的推算，辽东都司所掌握的军户、军屯等占据辽东地区的绝大部分，这些都是山东布政司等机构无法涉及到的。所以在洪武晚期至永乐年间，辽东都司民事管理权虽然被分离，但其仍然是一个独立的行政区划由辽东都司进行管理。
结语
从明初辽东都司职权变迁的过程可以看出，明代的都司，特别是边疆都司是一个完整的地理单元，拥有兼理民政管理机构的可能性和可行性。个别边疆都司本身就兼具着许多内地都司不具备的、体现民政管理机构特性的权力，辽东都司作为边疆都司的典型代表就证明了这一点。
同时辽东管理机构的变化体现了明中央政府对无民政管理机构地区进行统治的一个方法，即先由都司兼理，在逐渐将其划拨给就近的民政管理机构进行带管。这一方式从历史的整体上看也很有可能形成于元末朱元璋在接手地方管理时所积累的经验。