明朝政府非常重视勘合之政，每视为“国家要务”、“西鄙重事”。朝贡国家，都由明政府发给“勘合文凭”，以防冒伪。另外又对朝贡年限、停船港口、进贡船数和随从人数以及贡品的种类等都作了严格的规定，只能按规定进行贸易。为保证勘合贸易畅通无阻，明政府确立和实施了一系列组织和管理制度。
（一）管理机构
明朝官方贸易就是国家直接控制的勘合贸易，又叫贡舶贸易，由市舶提举司掌管，“凡外夷贡者，我朝皆设市舶司领之，许带方物，官设牙行与民贸易，谓之互市。”市舶司地点的选择主要是据其地理位置、交通条件和经济条件而定。但设多少市舶司，维持多久，则随国内外客观环境和统治者主观因素而变化。有明一代，市舶司设置与罢废变化之多之快，是其对外贸易政策变化频繁的一个最主要表现。
太祖洪武初，在太仓黄渡（今江苏太仓镇）设市舶司，旋于洪武三年（1370年）二月以距京师太近为由裁撤。凡至太仓的番舶，命军卫有司封籍其数，送赴京师。不久又设市舶司于浙江宁波（明州）、福建泉州、广东广州。并对每一市舶司负责掌管的海外朝贡国家作了具体的规定：“宁波通日本，泉州通琉球，广州通占城、暹罗、西洋诸国”。后因倭寇的干扰洪武七年（1374年）废止此三市舶司。
成祖朱棣执政时期，由于国内外形势发生了很大变化，出于政治和经济上的需要，成祖一方面十分重视朝贡贸易；另一方面派遣郑和下西洋，扩大和加强与海外各国的联系。恢复和加强管理贸易的机构是其重要表现。永乐元年（1403年）恢复洪武七年废止的泉州、宁波、广州三市舶司。史称“上以海外番国有朝贡之使，附带货物前来交易者，须有官专主之，遂令吏部依洪武初制于浙江、福建、广东设市舶提举司，隶布政司”。
永乐三年（1405年）九月，又因海外诸番贡使益多，乃命三市舶提举官各设驿馆，“福建曰来远，浙江曰安远，广东曰怀远”。专门负责款待外国贡使及其随从人员。在广州的怀远驿建于西关十七铺蚬子步，共有房舍120间。永乐六年（1408年）正月，“设交
址云屯市舶提举司，接西南诸园朝贡者。宣宗开始起用太监管理市舶司，以后的继承者多仿效。世宗嘉靖二年（1523年），日本使者入贡，明市舶中官员处理不当，日本使者竟大肆劫掠宁波”。给事中夏言认为倭患是由市舶司引起的，于是罢除福建、浙江两市舶司，只保留广东市舶司。市舶司既罢，日本商贾往来自如，明朝沿海一些奸豪又与之勾结，“法禁无所施，转为寇贼”。二十六年（1547年）倭寇百艘海船久泊宁、台不去，数千倭人登陆抢动掠，酿成大祸，海上遂无宁日。三十五年（1556年），倭寇大掠福建、浙江、南直隶。朝臣虽有重置市舶司以利贡市的议论，但终为兵部所阻而未果。三十九年（1560年），凤阳巡抚唐顺之力主恢复三市舶司，获部通过，乃复置三市舶司。四十四年（1565年），浙江巡抚刘畿上折言近海奸民侵扰，浙江沿海港口多而兵船少，最难关防，争得户部同意后，九月罢除宁波市舶司，福建市舶司亦是开而复禁。直到神宗万历二十七年（1599年）才恢复浙江、福建两市舶司，连同广东市舶司，均于该年二月份遣中官太监领其职位，以济国用。
（二）抽解制度
对前来朝贡的国家，要举行朝贡仪式，要办理相当繁琐的手续，同时明确规定其朝贡日期，路经和来船数目。史称“夫贡者夷王之所遣，有定期，有金叶勘合表文为验”。所谓“勘合”，就是明王朝给予朝贡国家的朝贡凭证。凡来贡舶必需携带勘合、表文、号薄、市舶司与之对号薄，并验视表文方物，皆无诈伪，才准入贡。他们运来物品，除贡品外，其余货物，运到京师的，由礼部派员监督，在会同馆开市；运到市舶司所在地的也可以互市。
课税的内容起初是抽分即抽解货物，早在孝宗弘治时就已明确规定，凡番国进贡，国王、王妃及使臣等附来货物，十分之五抽分入官，五分给还价值，以钱钞相兼支付。如系国王、王妃的货物，给钱六分，钞四分；使臣人等的货物，给钱四分，钞六分；但奉旨特免抽分者不在此例。实际上至武宗正德四年（1509年），始提议暹罗、满刺加等国船货，俱按十分之三抽，贵细货物均行解送京师，粗重货物变卖后留备当地军饷，其后正德十二年（1517年）至世宗嘉靖五年（1526年）改为十分抽二。抽解货物的“抽分”制在行政处理上有许多困难，甚至有失公平之处。穆宗隆庆年间，夷商狡诈报货不实以及负责“抽分”的官吏贪赃枉法、遂改“抽分”制为“丈抽”，以银两计算，以船舶广狭为准、分等课税。万历三年以后颁为定例。明朝对贡舶附来番货的进口，由免税而改为课税，是贸易政策的重大改革；而课税由“抽分”货物到“丈抽”银两则是其贸易政策的另一重大转变。