陕西地区已经平稳起来，而左宗棠平定陕甘的任务只剩下了甘肃地区，于是他将军队转移到乾州地区，想要诱惑叛乱军队回到甘肃地区。经过激烈的战争之后只剩下马文禄所率领的起义军，在1872年的时候左宗棠派遣军队进入了肃州地区，并且不断的展开强大的攻势，这一场战争几乎持续了十八个月，直到肃州被 清军完全包围才让马文禄放弃了抵抗。