一、农民阶级的局限性
1、太平天国的性质是一场反封建反侵略的农民革命战争，但农民阶级不代表新的生产方式，不可能用新的生产关系来代替封建生产关系，提不出切合实际的革命纲领。在封建社会中，农民阶级受着严重的剥削，要求解放，而且敢于用武装斗争来争取解放。但是农民毕竟是分散的小生产者，他们不可能制定明确的革命纲领并用这个纲领来团结所有的革命群众;他们不可能长期地维持革命纪律，借以集中自己的力量战胜强大的敌人;他们缺乏用科学的方法总结革命经验和运用这些经验来指导革命实践的能力。太平天国颁布过《天朝田亩制度》和《资政新篇》两个纲领性文件，但或者是由于其绝对平均主义的方案注定了不可能实现，或者是由于其他主客现条件决定了无法实行。太平天国提不出一个切实可行而又能动员广大群众尤其是广大农民的纲领，这就不能长期保持农民群众的革命热情，因而他就不能把战争引向胜利。
2、广大将士参加革命的目的性不明确，大多是迫于贫困，希望改变自己的经济地位。鸦片战争后,清政府将大笔军费和巨额赔款，全部转嫁给劳动人民。由于五口通商，外国的工业产品涌进中国，质高价廉的工业产品，排斥了中国传统的家庭副业和手工业，使得东南沿海地区的农民和手工业者纷纷破产，失去生计。同时，地主加紧了对农民的盘剥，土地兼并更为严重。清政府的捐税，年年增加，使农民不堪重负。 1840— 1850年，广东、广西和全国许多地区，水灾、旱灾、蝗灾，连年不断，广大农民家破人亡，陷入绝境。特别是两广地区，由于受到鸦片战争的直接冲击，社会动荡更为激烈。太平天国的主要领导人中，洪秀全和冯云山虽都是自小饱读诗书，但青年时有屡试不第。可以说他们是从小接受了较强的正统封建思想的教育，但却又被封建阶级始终压迫着的迫切需要反对这种压迫的人。而杨秀清和萧朝贵都是典型的贫苦农民出身，是在封建阶级的压迫下痛苦呻吟的人。就是在这样的环境下，起义领导人和广大农民走到了一起，并爆发了这场起义。在太平天国的初期，从上到下都保持严格的纪律和艰苦朴素的精神。但在建都“天京”后，却首先从领导人开始，滋生享乐、保守思想，逐渐破坏了团结统一的局面，导致发生了内乱、分裂和一系列不正常事件。再到后来，朝纲败坏，许多将领拥兵自重，敛财自肥，腐化堕落，甚至发生一连串叛变投敌的行为，从而瓦解了革命斗志，加速了革命的失败。
3、长期在封建社会下生活，使他们始终摆脱不了天上神权、地上皇权这种封建思想。在生产力十分落后的中国封建社会，被压迫和剥削的广大贫苦农民在试图推翻而还没有足够力量推翻他们头上的统治者时，往往采取一种神秘的形式。在太平天国革命的初期，为了争取群众的支持，洪秀全等也因袭了这种形式。他把自己变成了“神”，成为了天父上帝的次子、天兄耶稣的胞弟、奉天承运的人间君主。而中国封建君主制的核心是“朕即国家”，定天下于一尊。就在洪秀全把自己神化为上帝次子之后，杨秀清、萧朝贵亦分别假托天父上帝与天兄耶稣附体传言。这样，在人间天上，太平天国内部便有两套相互冲突的权力系统。于是，宗教上的父子兄弟与政治上的君臣上下，神权与君权之间，权力交叉，尊卑颠倒，形成了太平天国政教合一体制中一个无法解开的死结。当皇权与神权之间的矛盾愈演愈烈，无法调和时，一场惨痛的天京内讧便不可避免地爆发了。
二、宗教思想的禁锢
“宗教是被压迫生灵的叹息，是无情世界的感情”。天王洪秀全一面用“有田同耕，有饭同食，无处不均匀，无处不饱暖”的人间天国理想来动员民众;另一方面又用“肯拜上帝者，无灾无难;不拜上帝者，蛇虎伤人”等避邪享乐的宗教理论来鼓惑民心。洪秀全于武宣登极或永安建制之后，如果及时取消上帝教，将大权集于一身，矫正神权与皇权交叉矛盾的政权体制，也许可避免后来发生的许多悲剧。但洪秀全陷于宗教的泥潭中不能自拔。他不仅将所谓天父、天兄下凡显示的“无数神迹全能凭据”刻为诏书，广泛印发，而且将太平军血战所取得的胜利均归于“托赖天父天兄之全能”;并扬言“今日天父天兄作事，欲使妖魔生即生，欲使妖魔死即死，略显全能，即可扫荡妖氛，四海升平”，全然不顾人力之所为。这种政教合一的组织系统与遍及各阶层的宗教教育，将上帝教教条与政治法律和文化教育融为一体，使整个太平军的思想完全被宗教迷信所禁锢，每一名天国士兵均是上帝教的忠实信徒。即使是在太平天国后期，洪秀全仍反复强调君权神授，并不断自我神化。但最终上帝的神话还是与天王府七日不熄的大火，一起化作了灰烬。
三、领导层治国无方
太平天国以宗教起家，是政教合一的组织，所以上帝教的教条既是军规，也是法律。在建都“天京”以前，这种兼法律与军规的宗教教条，在太平军与清军的作战中，无疑起到了巨大的作用。但建都之后，太平天国并没有一套完整的治国之策，而是将治军的上帝教教规直接推行于社会，结果非但行不通，而且大失民心。
定都“天京”后，从中央到地方，几乎都是清一色的武职官员。一个县约分五军，一军13156家，每家出一人为伍卒，组成一军，寓兵于农，“有警则首领统之为兵，杀敌捕贼;无事则首领督之为农，耕田奉尚。”由于土地归公，所以农民生产出来的粮食除留口粮外，一切都要上缴，由两司马支配，甚至农民的生活也要受两司马的监督和支配。这种政策遭到农民强烈抵制，使农业生产受到严重破坏。
在所控城市，太平天国更是强令推行“军事共产主义”，最重要的一点就是解散家庭。定都天京后，完全废除私有制，按性别把居民分别编入男馆女馆男营女营，夫妻不得同居，居民原来的财物全部没收归“圣库”，生活必需品由“圣库”按定额供给。六十岁以上老人和十六岁以下儿童入“牌尾馆”，男性青壮年则住“牌面馆”，其任务除参加战斗外还从事体力劳动。手工业技能者进入诸营与百工衙、天茶衙、豆腐衙、酱人衙……在监管之下从事集体生产劳动，产品不经过市场的交换直接入“圣库”分配，生产者除按定额分配的吃、穿外也别无报酬。按照“天下人人不受私，物物归上主”的原则，一切私营商业资本全部被没收，个体小商贩也不例外，“铺店照常买卖，但本利皆归天王，不许百姓使用”，经商所获利润全部上缴“圣库”，商业实际上被完全废除了。女馆则不分年龄，在监管之下参加各种诸如抬砖运瓦、收割拾柴一类的劳动，善女红者则编入锦秀营。丈夫到女馆探妻只能在离门数步之外问答，而且声音必须洪亮，让大家都听见，以防说“私房话”。
这种把社会变成“大兵营”的做法完全违背常理，遭到了各式各样的抵抗。生产受到破坏，物质极度匮乏，粮荒日益严重。为保证这些政策的贯彻实行，统治者只能用重典、施严刑，把苛刑重罚作为治国基本手段。结果是滥施刑罚，人人自危，怨声载道。太平天国的理想是“务使天下共享天父上主皇上帝大福，有田同耕，有衣同穿，有钱同使，无处不均匀，无处不饱暖”。要实现这种理想，只能承认要有一个至高无上、公正无私、洞察一切的“上主”来“分配”，这种公正、平等，实际却是更不公正更不平等，因为“主权者”不受任何监督制约，有权任意运用“圣库”内的公共财产，这必然要走向腐败。
在天京变乱和石达开出走之后的 1859年，洪仁玕从香港来到“天京”，并被洪秀全封为干王，总理朝政。他上任不久，便颁布了《资政新篇》。根据“因时制宜，审时度势”的原则，他提出了许多新的主张。然而，这个在当时代表了新的政治观点具有十分鲜明进步意义的纲领却由于种种原因没有付诸实施。在整个太平天国史中都没有看到什么治国良方，这也难怪最终灭亡的厄运。
四、政治上的腐败
太平天国起义时的目的是打击封建势力，然而就是在这样一个目的下， 1853年定都天京后的太平天国却变成了一个新的封建势力。在取得一些胜利后，坐享其成，不思进取，最终断送了自己的大好前程。
在封建社会，反抗统治者压迫的农民战争当然是正义的，但最终却不可能建立一个超越封建专制的特殊政权。太平天国也不例外，早在一八五一年三月，金田起义不久，洪秀全就登极称天王，年末又在永安下诏分封五王。在洪秀全旨准颁行的《幼学诗》充满中“生杀由天子”，“王独操威柄”的帝王思想。定都天京后，太平天国的皇权专制、等级制度更是恶性发展。与历代封建皇帝一样，洪秀全本人也以“朕”自称，经常告诫臣民“天下万国朕无二”、“朕乃天父上帝真命子”，将自己比作“太阳”、“日头”，臣民遇见天王必呼“万岁、万岁、万万岁”。“真命天子”当然是世代相传，“爷哥朕幼坐天国”，“父子公孙永作主”。不仅天王世袭，各王也都世袭，从高官到基层官员如两司马也世袭，“世食天禄”“累代世袭”，打破了以往封建统治者只袭爵位不袭职位的惯例，可谓有过之而无不及。
到了后期，洪秀全全然不顾汹汹群情，给无功、无才、无德的洪氏族人大肆封王，引起他人的强烈不满，互相攀比，纷纷要求封王。结果，后来总共封了两千七百多个“王”，形成了一个极其强大的特权阶层，大大加重了平民百姓的负担。
太平天国的封建等级之森严，也是史所罕见。早在永安建制时就明确规定“贵贱宜分上下，制度必判尊严”，君臣上下之间称呼、服饰、舆马等方面都有严格规定，违者要受到严惩。官员朝见天王时必须下跪三呼万岁，见王爵则要下跪三呼千岁。天王出行乘六十四人抬大轿，东王乘四十八人抬大轿，甚至连基层小官两司马也乘四人抬轿。诸王出行有盛大的仪仗队，所有官民都必须回避或跪道旁高呼万岁或千岁，倘有继续步行者则斩无赦，一些高官也因此受到了严惩。
从天王到王与地方各级官员的生活也非常腐化。刚刚入城一个月，敌人威胁还未解除，洪秀全就开始大兴土木，建造天王府。建天王府每天征用万余民工，拆毁民房万余间。宫中金碧辉煌，重殿叠宇，象征九重天庭。金龙殿饰以黄金，绘以五彩，光彩夺目。宫中珍宝无数，在外征战的太平军将领一直源源不断将各种奇珍异宝运到天王府。就连天王所用浴盆、夜壶等许多器皿俱以金造。东王府也同样富丽堂皇，尤其是所藏珍宝，竟超过了天王府。直到后期，大兴土木之风一直未息，如忠王李秀成驻在苏州，一直与敌紧张作战，但忠王府之豪华也令人叹止，据说仅次于天王府。直到苏州城陷前夕仍一直动工，连后来进占苏州的李鸿章都惊叹“真如神仙窟”、“平生所未见之境也”。封建帝王的后妃制度同样也为太平天国所继承，甚至是有过之而无不及。早在永安建制时，洪秀全就有三十三个“王娘”，到天京后有八十八个“王娘”，还经常挑选民间秀女入宫，就连九岁的幼主洪天贵也分了四个“幼娘娘”。其他诸王大多也都如此。