第一，没有追究日本天皇的战争责任，是东京审判的一大缺略。裕仁天皇对日本侵略战争以及日军暴行负有最高领导者的责任，但是，作为侵略战争的最高统帅裕仁天皇却没有受到任何追究。天皇是日本宪法体制和战争责任体制中的最高权力者，不追究天皇的战争责任，就不可能彻底追究日本国家的战争责任。没有追究天皇的战争责任，还给战后的日本政治带来了严重后果，造成日本政府和主流社会拒绝对侵略战争进行诚心的反省和悔改，政治上长期右倾化。 为什么美国不追究日本天皇的战争责任？一句话，减少美军伤亡与保留天皇制度，成了美国与日本不谋而合的“日本投降”结果。战败前的日本，同投降前的德国有很大的不同，德国在投降前夕，国土被盟军占领，军事上已经没有讨价还价的筹码。日本战败前，本土尚没有遭到全面进攻，在海外还有100多万军队。到1945年6月，日本政府仍作出“本土决战”、“一亿玉碎”的顽抗计划，即使到了1945年7月26日美、中、英三国政府发表促令日本投降的《波茨坦公告》后，日本军国主义政府仍然在降与和的问题上发生分歧争论，双方对峙，直至天皇最后“裁决”，才在维护天皇制度国体的条件下接受投降。 美军在硫磺岛战役（美军伤亡26000余人，日军伤亡28700人）和冲绳岛战役（美军伤亡44100余人，日军伤亡13.5万人）中因日军的拼死顽抗而遭受重大伤亡，倘若美军要登陆日本本土作战，据美国军方估计，大概还要付出100万人的伤亡代价，并推迟到1946年的秋冬才能进行。所以，美国单方面放宽对日本投降的条件要求，由美国起草，以美中英三国政府名义发表的敦促日本投降的《波茨坦公告》，美国有意不写进废除日本天皇制的条款，日本军国主义集团恰恰利用了美国政府这一点，从而达到了保留天皇制度进行投降的目的。 第二，没有把反人道罪作为独立的起诉原因，是东京审判的严重不足。反人道罪包括日本对朝鲜、台湾等殖民统治地特别是在中国的占领区进行的残酷统治罪行，但在检察官的起诉书中几乎没有涉及这些问题，更没有把日本殖民统治的暴行作为战争犯罪来进行追究。战争最大的受害者即亚洲各国特别是中国民众的被害没有被摆到审判的正面。 第三，没有起诉搞细菌战和化学战的日本战犯，是东京审判的严重缺失。由于美国的庇护，在远东国际军事法庭审判的日本战犯中，有5000多名日本军人公然违背国际公约在中国进行细菌战和化学战，参与了细菌武器、化学武器的研制、生产和使用，包括惨无人道的用活人进行实验，理应受到严惩，但细菌战干将石井四郎、北野政次、若松有次郎、增田知贞等人，却被美军占领当局保护起来，并掩盖其重大的战争犯罪事实，成了为美国提供细菌战研究情报的“有价值的合作者”，而被免于起诉。作为交换条件，石井四郎等20名“细菌战专家”，向美国提交了长达60页的人体实验报告、20页的19年的作物毁灭研究报告和8000张“细菌战实验人体及动物的解剖组织”幻灯片；另还有石井四郎本人从事“细菌战各阶段研究20年经验的专题论文”。 由于美国的包庇，虽然侵华日军实施细菌战、化学战的事实早已真相大白，但日本政府至今不认错。虽经中国细菌战受害者多次向日本政府起诉、抗议，但一直到2002年8月，日本东京法院才作出“认定有侵华日军曾发动细菌战和杀害中国人民的事实，但拒绝向受害者赔礼道歉及经济赔偿”的裁决。不愿反省或否认自己过错的民族，极有可能重蹈覆辙。 第四，虎头蛇尾是东京审判的明显缺陷。第二次世界大战结束后，1948年3月，美国国务院政策计划委员会主席乔治釰凯南与麦克阿瑟共同提出，并得到美国国家安全委员会批准的对日本的“新方针”为：美国政府应保护日本不受共产主义的威胁。因此，美国必须在日本留驻军队，缔结对日和约应该是简单的、一般性的，而不是惩罚性的，等等。此前，美国就释放了大资本家鲸川和航空工业巨头中岛等人。这些人没有受到审判，也就使日本侵略的根源没有得到彻底揭露。1948年12月24日，即对7名甲级日本战犯执行绞刑的第二天，麦克阿瑟总部即宣布，释放仍在巢鸭监狱中服刑的岸信介等19名甲级战犯嫌疑犯。 1950年5月15日，中华人民共和国外交部发表声明指出：“中央人民政府认为驻日盟军最高统帅麦克阿瑟违法越权的行为，不仅破坏了第二次世界大战中远东同盟国关于设立国际军事法庭的协议，不仅破坏了远东国际军事法庭惩治日本战犯的庄严判决，同时，这种狂妄行为必然严重损害了中国人民以八年血战换来的制裁日本战犯的基本权利，损害中国人民防止日本法西斯侵略势力复兴的基本利益。因此，中华人民共和国中央人民政府对于麦克阿瑟以单方命令擅自规定提前释放日本战犯一事，绝对不予承认。”1950年11月21日，远东盟军总部又非法释放判刑本来太轻而且刑期未满的重光葵，他不久就当上了外务大臣和副首相，荒木贞夫、畑俊六等也被释放，贺屋兴宣甚至重新回到政界。