1695年(清康熙三十四年)在福建建阳潘耒据其手稿整理付刻，为三十二卷本，包括经义重刊本和斋刻本。此本书是顾炎武的入室弟子对《日知录》遗稿作删削整理。而后学均认为此书在最具保存和反映顾炎武当时的学术思想。

同年(清康熙三十四年)黄汝成以潘耒整理的遂初堂本为底本，把道光以前博采诸家之长，清人注释之大成，为《日知录》后人的研究提供了一个比较完善、且便利的书本。