抗日战争期间，施氏宗祠不幸毁于战火，直至九十年代初，国家文化部及江苏省乡镇人民政府多方筹资，并由上海复旦大学教授绘制施氏宗祠复原图，著名古建筑专家、上海交通大学教授一同主持设计，终于在2009年建工完成，成立施耐庵纪念馆。

施耐庵纪念馆不仅是一座缅怀一代小说家、传承水浒文化的纪念馆，同时也是保存施氏宗祠文物史料的历史博物馆，该纪念馆一共分为五个展厅，其中所展出的文献资料与文物古迹皆以施耐庵生前相关事迹为主，纪念馆工作人员经历长期的收集与整理，才得以使流落民间或掩埋地下的文物史料展现在世人眼前。纪念馆的展览方式采用与历史对话的形式，另参观者深入其中，深刻感知施耐庵的人物背景与丰富的水浒文化。施耐庵纪念馆已成为江苏重要的文化基地与文物保护单位。