魏忠贤先是杖毙了工部郎中万燝，之后又罢黜了大学士叶尚高、吏部尚书赵南星，吏部侍郎陈于廷杨涟、左光斗、魏大中等人。其中史称“六君子”的杨涟、左光斗、魏大中，周朝瑞，袁化中、顾章等六人死的最为惨烈。据史书记载，杨涟死的时候是“土囊压身，铁钉贯耳”，可以想象这是一种何等残酷的刑罚。而魏大中则是在狱中活活被折磨死的，死的时候全身都已经腐烂，只剩下白骨了。而左光斗等人的尸身已经残缺不全，发现的时候已经爬满了蛆虫。更残忍的是，他们死了之后，锦衣卫为了向魏忠贤邀功，还用刀子剔出了他们的喉骨。

还有一次，有四个人在密室中喝酒，其中一个人喝醉了开始骂魏忠贤，另外三个人吓得不敢出声。不久东厂的人就过来把这个人带走了，处以磔刑。可见魏忠贤的势力在那个时候已经遍布朝野了。