说到这个就一定要提到征讨方腊这件事，但在征讨方腊时遭到敌方的袭击，这也可以看出，方腊方面早就做好了准备，就等着阮小二等人中计。军火排的攻势确实难挡，同行的童威童蒙见状，竟然弃了船只，但船上的大火连着烧起来。阮小二无计可施只好跳水逃跑，不料衣服刚好被船上的钩子钩住。由于阮小二个性刚烈，担心方腊等人将他虏去，心中想着不愿受辱，便在乌龙岭水路选择自刎。阮小二在死后也被追封为忠武郎。

明末清初的文学批评家金圣叹曾评价阮小二此人，论实力和能力以及资历，阮与杨雄、石秀等人一样，可以被评为中上者。