这个城市的不足就是容易受到长江上游的威胁。正好，王敦就驻扎在长江上游。该地区的军政都被他掌握在手里。所有人的眼里只有王敦的命令，对于中央几乎已经不放在眼里了。皇帝培养了一些人给与了他们军权，希望他们能够压压王敦的气焰。但这却使王敦兵行险招 ,终于在鄂州发动兵变。还在都城的王导为了保全自己发布了一个与堂兄划清界限的声明，希望中央能尽快抓住叛贼。紧接着司马皇帝也发布了一个表彰了王导的大义灭亲的声明。王敦从鄂州一路南下，很顺利就攻占了京城边的一处军事要塞。他纵容手下的士兵四处抢劫。坐不住的皇帝只能选择向王敦求和。王敦一见到堂弟就怪他在当今皇帝即位前没有听他劝，现在陷入了这样一种境地。但王导依然坚持认为不能改立皇帝，王敦只好退回鄂州。后来皇帝因为忧虑成疾病逝了，王导接受了遗召，辅佐幼帝上位。

后来王敦病重了。他的堂弟谎称他已经死了，还发丧号召叛乱者投降。可是王敦没有真的死，他知道后立即组织兵马，但为时已晚，只能不甘地死去。由王敦引发的叛乱就这样被王导平定了。王敦所做并没有影响王氏家族的繁盛。王导的官越做越大，最终成为一代东晋中兴名臣。