马吉芬与北洋水师开始有着美好的十年，可惜的是后来黄海海战爆发，他主动留在中国，带领“镇远”舰对抗日军，在战争中他亲眼看到丁汝昌所在的军舰最后葬于火海、邓世昌所在的舰船沉入海底。而他自己也身负重伤，双目几乎失明。令人不解的是朝廷当时打算把失利算到他身上，让他做替罪羊，于是他不得不一走了之。他的回国引起了大家对他的关注，人们都很好奇想日本与中国的这场战争，几乎大多数人都认为中国海军的惨败是因为指挥不利。面对西方媒体的歪曲事实，马吉芬开始到处演讲，极力为北洋水师申辩。可惜的是当时的人们都认为这是他精神失常的表现。