南怀仁墓位于北京西郊的马尾沟，规模并不是很大，南怀仁、利玛窦、汤若望三人的墓都在这个地方。但是在一九八零年之前，这三位的墓前并没有墓碑，他们的墓碑被一个非常爱好历史的研究人员收藏了起来，直到一九八零年开始修缮这几座墓，史学家才将墓碑重新立在墓前。

可以说南怀仁墓可以直接用墓碑代替，一块墓碑便说尽了南怀仁的一生。南怀仁墓碑上面题了南怀仁的简介以及一些细节方面的东西，现在处于马尾沟旁边的教堂内，这里也被认为是南怀仁的墓地所在。

南怀仁墓非常简单，这可能是因为西方和东方不同的观念造成，所以南怀仁墓与现在许多墓地的布局很像，不大的地方安葬着遗体，前面立一块简单的墓碑，这便是南怀仁墓了。每年都会有很多仰慕者慕名来欣赏南怀仁的墓，从这简单的墓地中感受几百年前，南怀仁作为一个传教士传奇的人生。