党锢之祸原因是士大夫们的反抗引起了宦官的极大不满，尤其是在士大夫获得了很多清廉人士和老百姓们的支持之后，恼羞成怒的宦官时不时在皇帝面前诽谤他们，将他们归为“党人”并进行严厉的制裁，甚至直接以图谋不轨等莫须有的罪名打压他们，导致了两次党锢之祸的发生。

深究党锢之祸的原因，就是当时的政治环境，年幼的皇帝无法掌控朝廷使得真正的大权落到了宦官和外戚的手中，为了巩固自己的地位，宦官对反抗自己的人进行制压，这就造成了东汉的两次党锢之祸。