清军次年进军新疆的路线是沿着阿古柏退败的路线追击，这就是左宗棠收复新疆地图的第二方针。清军一部分军队从西南的哈密和巴里坤出发，在盐池汇合，另一部分军队从乌鲁木齐出发，最终两部分军队在吐鲁番汇集，追击阿古柏的军队，途径托克逊，喀喇沙尔，库车，阿克苏，在这里清军从乌什，巴尔克楚两边包围阿古柏的军队，在巴尔克楚清军又兵分两路三面包抄阿古柏的军队，清军两队在喀什葛尔汇集，消灭叛军的军队，另一队在叶尔羌兵分两路，一路往西北追击叛军至英吉沙尔，另一队沿西南追击叛军至和阗。最终，清军收复了除伊犁以外的所有新疆地区，清军收复新疆地区取得了巨大的胜利。