公元1687年，徐乾学晋升为左都御史兼任刑部尚书一职。徐乾学为官期间，在康熙皇帝的授意下，主持修编过《明史》、《大清一统志》、《读礼通考》等书籍，为古代历史的记录作过不可磨灭的贡献。

公元1688年，湖广巡抚张汧爆发了贪污案件，这次贪污案件影响的范围非常大，其中徐乾学也被牵连其中。根据湖广巡抚张汧的供词，他曾收买过徐乾学。康熙皇帝知道此事后，并没有追究徐乾学，在康熙皇帝的包庇之下，徐乾学并没有得到任何处置。

不久之后，同僚许三礼上书弹劾徐乾学，随后徐乾学以“放归田里”上书请奏康熙皇帝，希望康熙能让他告老还乡。随后，康熙皇帝同意了徐乾学罢官，但是让他回家编著《大清一统志》。

徐乾学回家之后，便效仿《资治通鉴》，在同僚的帮助之下，编撰《资治通鉴后编》。公元1691年，徐乾学曾经包庇朱敦厚一事被告发，事发后康熙革掉了徐乾学的官职。