综上使得另一部分人认为明代卫所制有什么缺点是造成了军籍与民籍难以区分。因为军籍和民籍之间没有明确的界限，从而导致在判定一些人是军籍和民籍根本无从下手，由此也加剧了社会问题。

在明朝卫所制有什么缺点的众多答案中，其中不可忽视的一点就是它的实施最终造成了明朝兵不识将，将不识兵的局面。卫所制的实施，使得明朝的军队与百姓之间的界限不在明确，而统治者为了扩大军队，所以大批量的二招募壮丁，与此同时，为了防止将领专权，所以会不定期的更换军队将领，以上卫所制的实施，最终造成就是冗兵局面的出现。