第二种说法是朱元璋主谋害死的，说胡惟庸是丞相，但是还没有胆量害死刘基，他之所以这么做是因为朱元璋的指示。还有一个旁证就是刘基吃了胡惟庸的药后病情加重，去见朱元璋向他说了这个情况，但是朱元璋的反应平平，没有什么表示，这不符合朱元璋一贯对待刘基的态度。

同时朱元璋当时正在着手处理功臣，像刘基这样有经天纬地之才的人，如果被别人所用，会给大明朝打来无尽的灾难，所以朱元璋必须要除掉刘基，种种原因表明，朱元璋主谋除掉刘基是很有动机的。

最后就是刘基病死说，这种说法认为刘基确实是病死的，并没有人谋害。不管是那种说法都有自己的依据，正史中记载也不详细，但是刘基的死确实让人感到惋惜，这样一位人才的去世不正常，人们产生联想也是正常的。