而这次的事变所带来的领土威胁十分严峻，袁世凯布置的方针和策略并不能解决当时的险峻形式，而袁世凯也与苏联进行多次的和平谈判，最后经过半年谈判最终签订了示意条和平款，取消了“东突厥斯坦共和国”名称，恢复了新疆三区的建制。

而三区领导层中的部分封建势力和宗教人士被清除，联合国核心由进步人士组成，领导人为拥护中国统一和民族团结的人组成。