接着，程昱又马不停蹄的赶往老家东阿。在到达东阿县后，由于程昱在此地的威望颇高，所以很自然使得当地军民们在东阿令枣祗的领导下坚守城池，东阿之难又解。最终，兖州三城保卫战在程、荀二人的指挥下以及从事薛悌的帮助下，顺利的完成了。而当曹操东征归来时，更是感动的握住程昱的手说道：“若非程卿之力，吾无所归矣。”随即便上表任命程昱为东平相，屯范。

　　就这样，程昱在危机时再次展现出了他良好的大局控制能力和高人一等谋略，并成功的帮助曹操保全了其霸业的根基。在这里，即程昱在设计保全三城之后，他与曹操还有另外一段小故事。根据《魏书》中的记载，程昱小时候常梦到自己登上泰山，两手捧日，这或许是古时一种富贵的预兆。不久，程昱便把这个梦告诉了自己的好友荀彧，而荀彧又把这件事情告诉了曹操。

　　此时，曹操在通过三城之功以及听了荀彧的讲述后，对程昱的看法开始大为改观。一日，曹操十分感慨地对程昱说：“卿终当为吾腹心。”而程昱原本名程立，曹操因其捧日之梦，为之改名“昱”。 在当时那段天下分崩离析的大动乱时代中，“非但君择臣，臣亦择君”这句名言其实早已经成为众多智谋之士的共同认识及立身准则，而程昱也在两次婉言谢绝刘岱的征召之后终于遇到了自己“伯乐”。

　　随后，他又凭借着三城之功以及自身不俗的实力，慢慢获得曹操的重视及信任并成功挤身于曹操麾下的核心谋士集团。至于“程昱捧日”这个典故，在如今，它早已传为了美谈，并成为了君臣之间相互信赖的象征。 在程昱设计保全了三城之后，曹操与吕布之间的战争也随之打响了。起初，曹操与吕布交战于濮阳，前几仗曹操都未得优势，数次失利。之后，当地又闹蝗祸，无奈之下，双方只得引兵暂去。

　　此时，河北的袁绍却“出人意料”的现身了，他遣派使者以“连和”为名，希望曹操“迁家于邺”，而此举的真实目的却是在于借此机会达到控制曹操的目的。由于当时的曹操刚刚痛失兖州，而军粮又将尽，所以计议之下正想答应袁绍要求，但程昱却又在这关键的时刻出现了。程昱在向曹操询问了具体的情况后，他一针见血的指出。如今袁绍虽占据着燕、赵之地，并且他也有吞并天下的志气，但其“智不能济也”。而此时的曹操尽管只有三城，处境十分困难，可对于曹操而言，只要将手中的文臣武将以及城中士兵合理的加以运用，则霸王之业必成。曹操在听了程昱的这番全面的分析后，于是便打消了“连和”的念头。

　　公元196年，曹操在程昱和荀彧的劝谏下，迎天子入许都，并以程昱为尚书。而后，又因当时的兖州尚未绥抚停当，于是便以程昱为东中郎将，领济阴太守，都督兖州事宜。与此同时，刘备也在丢掉徐州后前来归附曹操。程昱看出刘备此人有雄才且必不甘心于人下，于是便劝曹操将其杀掉，但却不幸遭到了曹操的拒绝。不久，曹操派遣刘备至徐州截击袁术，而这一次更是为刘备成为曹操后半生最大的对手写下了伏笔。

　　事后，程昱与郭嘉向曹操道：“主公前日不除掉刘备，如今借之以兵，他必定会有异心。”曹操猛醒，但终究悔之不及。果然，事情不出程、郭二人所料，在袁术病死后，刘备到了徐州，杀掉了曹操的亲信车冑并随之举兵反曹。不久之后，程昱迁升为振威将军。 时间再次前进，官渡之战前，袁绍屯兵黎阳并准备移兵南渡，此时的程昱恰好把守着鄄城。由于当时程昱手中只有七百左右的兵力，而曹操深知袁绍势大，便急欲加二千兵前往鄄城助程昱守城。

　　但当程昱听到这个消息后，他却走了一步谁也没有想到的“险棋”，那就是拒绝曹操的援兵。程昱向曹操解释道：“如今袁绍拥兵十万之众，自以为所向无敌。他若见昱领兵少，必不肯轻易来攻。但如果接受了援军，反倒会遭到袁绍大规模的攻击，那样只会两损其势。希望主公勿疑。”随后，袁绍听说程昱兵少，便不屑一顾，果然没有进兵攻打鄄城，程昱的表现再次使人叹服。