尚书省
晋朝官制源自三国官制和东汉官制，但尚书省的组织比东汉更为严密。有以太傅“录尚书事”大权独揽，称为“录公”。另设“尚书令”，为尚书省的首官，秩千石。《晋书·职官志》云：“始贾充为尚书令，以目疾表置省事吏四人，省事盖自此始。”尚书省的次官是仆射，秩千石。
《晋书·职官志》云：建安四年（公元199年），以执金吾荣为尚书左右仆射，仆射分置左右，盖自此始。经魏至晋，迄于江左，省置无恒，置二，则为左右仆射，或不两置，但曰尚书仆射。令阙，则左为省主，若左右并阙，则置尚书仆射以主左事。
就行政部门而论，汉代的尚书粗具分曹办事的规模。
西汉初年分为四曹，通掌图书、秘记章奏之事，其一为常侍曹，主丞相御史公卿事；其二为二千石曹，主刺史郡国事，其三为民曹，主吏民上书事，其四为主客曹，主外国夷狄事。
汉成帝时，又置三公曹，主断狱，成为五曹。至东汉光武帝时，以三公曹主岁尽考课诸州郡事，改常侍曹为吏部曹，主选举祠祀事；民曹主缮修功作盐池园苑事；客曹主护驾羌胡朝贺事；二千石曹主辞讼事；中都曹主水火盗贼事，合为六曹。加上尚书令，仆射，合称“八座”，这些只不过是为了处理公文的便利而已，没有真正行政实权。
曹魏有五曹，即吏部、左民、客曹、五兵、度支，加上尚书令和两仆射也称“八座”。晋置吏部、三公、客曹、驾部、屯田、度支六曹，而不设五兵。历史网（www.80065.cn）
晋武帝咸宁二年（公元276年）省驾部。四年省仆射，又置驾部，太康中，有吏部，殿中及五兵，田曹、度支、左民六曹，无驾部、三公、客曹。晋惠帝时，增置右曹，但也称为六曹，此时省何曹，史籍记载不清楚。东晋时，有吏部、祠部、五兵、左民、度支五尚书。祠部尚书常与右仆射通职，没有固定设置，经常以右仆射兼任祠部尚书；如右仆射缺，则以祠部尚书代行其职。此外，还有左右丞。
《晋书·职官志》载：左右丞，自汉武帝建始四年置尚书（按：汉武帝无建冶年号，建始乃汉成帝年号，疑误），而便置丞四人。及光武始减其二，唯置左右丞，左右丞盖自此始也。自此至晋不改。
晋左丞主管尚书台内禁令，宗庙祠祀，朝仪礼制、选用署吏，给假（给，《晋书·职官志》作“急”。此据《御览》卷213引《晋书·百官表志注》，《职官分纪》八引本志也作“给假”）。右丞掌尚书台内库藏庐舍，所有器用之物及廪赈民户租布、刑狱兵器、督录远道文书、章表奏章等事。又有尚书郎，
《晋书·职官志》说：尚书郎，西汉旧置四人，以分掌尚书。其一人主匈奴单于营部，一人主羌夷吏民，一人主户口垦田，一人主财帛委输。及光武分尚书为六曹之后，合置三十四人，秩四百石，并左右丞为三十六人。郎主作文书起草，更直五日於建礼门内。尚书郎初从三署诣台试，守尚书郎，中岁满称尚书郎，三年称侍郎，选有吏能者为之。
魏尚书郎
有：殿中、吏部、驾部、金部、虞曹，比部、南主客、初部、度支、库部、农部、水部、仪曹，三公、仓部、民曹、二千石、中兵、外兵、都兵、别兵、考功、定课，共23郎。魏明帝青龙二年（234年），尚书陈矫奏置都官、骑兵、合25郎。晋武帝时，罢农部、定课，置直事、殿中、祠部、仪曹、吏部、三公、比部、金部、仓部、度支、都官、二千石、左民、右民、虞曹、屯田、起部、水部、左右主客、驾部、车部、库部、左右中兵、左右外兵、别兵、都兵、骑兵、左右士以及北主客、南主客，共三十四曹郎。以后又置运曹，合三十五曹，置郎
中书省
东汉时期，尚书令的权力非常大，直接取代了宰相的职权。魏晋以后，对中书省的官员特别看重，皇帝常委以机要重任。於是，中央机关的主要权力便逐渐移到中书省了。尚书省逐渐被疏远，尚书令只执行日常政务而已，不能参与机要。《通典·职官二》说：
魏武帝为魏王，置秘书令，典尚书奏事，又其任也。文帝黄初初，改为中书令，又置监，以秘书左丞刘放为中书监，右丞孙资为中书令，并掌机密，中书监令始於此也。及明帝时，中书监令号为专任，其权重矣，晋因之，置监令（各）一人，始皆同车，后乃异焉。魏晋以来，中书监令掌赞诏命，记会时事，典作文书，以其地在枢近，多承宠任，是以人因其位，谓之凤凰池焉。
荀勖自中书监迁尚书令，人皆往贺。荀勖说：“夺我凤凰池，何贺之有！”可证中书监令在西晋位尊於尚书令，到了东晋，其任更重，多以诸公兼领。其下有中书侍郎，《晋书·职官志》说：
魏黄初初，中书既置监令，又置通事郎，次黄门郎。黄门郎已署事过，通事乃署名。已署，奏以入，为帝省读，书可。及晋，改曰中书侍郎，员四人。中书侍郎盖此始也。
东晋初年，曾一度改中书侍郎为通事郎，不久又改为中书侍郎。其下是中书舍人。西晋初年，初置舍人、通事各一人，东晋把舍人、通事合称为通事舍人，掌呈奏案章。后罢去，而以中书侍郎一人当直并掌诏命。
秘书监，曹操为魏王时，置秘书令及丞。魏文帝黄初初年，置中书令，掌尚书奏事，而改秘书令为秘书监。至西晋初年，武帝以秘书监与中书省合并，犹保存著作局。晋惠帝永平中，再置秘书监。其属官有秘书丞，著作郎。著作郎始置於魏明帝太和中，当时隶属中书省，晋武帝以缪徵为中书著作郎。元康二年（公元292年），惠帝下诏：“著作旧属中书省，而秘书既典文籍，今改中书著作为秘书著作。”从此以后，改隶秘书省。著作郎有1人，称为大著作郎，专掌国史，又置佐著作郎8人。
门下省
晋把汉代的侍中改为门下省，作为皇帝的侍从、顾问机构，长官为侍中。《晋书·职官志》说：
黄帝时风后为侍中，於周为常伯之任，秦取古名置侍中，汉因之。秦汉俱无定员，以功高者一人为仆射，魏晋以来置四人。别加官者则非数。掌傧赞威仪，大驾出则次直侍中护驾，正直侍中负玺陪乘，不带剑，馀皆骑从。御登殿，与散骑常侍对扶，侍中居左，常侍居右。备切问近对，拾遗补阙。
侍中还常代表皇帝与公卿辩论朝政，其地位虽然不高，但因接近皇帝，显得很重要。到南北朝时，凡属重要政令，皇帝每每征求侍中的意见，这就使门下省也开始成为参预国家大政的部门。给事黄门侍郎，与侍中共同管理门下省诸事，本无定员，晋置4人。散骑常侍，无定员，作为加官，东汉初年，省散骑，而中常侍用宦官。魏文帝黄初初年，置散骑，合於中常侍，同掌规谏，不典他事。西晋初年，沿而不改，元康中，惠帝始以宦者董猛为中常侍，后来便废止。给事中也是加官，所加或大夫、博士、议郎，掌顾问应对，位次中常侍，在散骑侍郎下，给事黄门侍郎上，无定员，又有通直散骑常侍，魏末有散骑常侍又有员外散骑常侍，泰始十年（公元274年），武帝使两人与散骑常侍通员直（即同值），所以称为通直散骑常侍，东晋置4人。员外散骑常侍，无定员。此外，还有散骑侍郎4人，魏初与散骑常侍同置。自魏至晋，散骑常侍、侍郎与侍中、黄门侍郎共同平议尚书奏事，至东晋才罢。又有通直散骑侍郎，晋武帝时，曾置员外散骑侍郎，到太兴元年（公元318年），元帝使两人与散骑侍郎通员直，故谓之通直散骑侍郎，后增为4人。员外散骑侍郎无定员。总之，散骑常侍与散骑侍郎各有本官与通直、员外三种。晋之散骑虽隶属门下，但又另设散骑省，又以中书职务付与散骑省，所以散骑也掌表诏。