1644年4月局势
1644 年，李自成进入北京。此时大顺军势力已东至鲁豫，南跨荆楚，西迄秦陇，北抵燕晋，整个北方几乎皆为其所有。南明只控制了江淮、江南和西南大部分地区。而在西边的四川， 此时张献忠领导的另一支农民军正屯兵万县， 准备向成都进发。
1644年11月局势
1644 年四月二十二日，大顺军被吴三桂和秦军击败。清军占领北京后即出兵追击， 十月初三， 清军占领山西首府太原。
得知李自成被清军击败， 山东河南等地明朝官绅蜂拥而起， 大顺军在这里的政权纷纷瓦解。而清军乘虚南下，到 1644 年十一月清廷已派遣使者兵卒招抚了畿南、山东和河南北部三镇。而在西南，张献忠已攻下成都，收取了四川大部，并于 11 月称帝，建立了大西政权而此时的南明控制范围进一步缩小
1645年6月局势
1645 年清军占领大顺军都城西安。在击败大顺军，占领陕西后，清军即分兵三路南下江南：多铎部出潼关， 经归德向南直趋泗州、扬州， 进攻南京； 阿济格部尾随李自成已至江西九江， 派遣降清的金声桓部收取南昌， 然后顺江东下， 与多铎部会师芜湖； 另外满清收取淮安等地。
清朝大军已进入江淮地区，南明的 江北诸镇面对清朝大军望风而溃， 不降即逃。 扬州、南京纷纷陷落。弘光帝也被俘。1645年六月十四日，清军不费吹灰之力即占领杭州，湖州、嘉兴、绍兴、宁波等地。1645 年，明朝诸臣在福州又拥立唐王朱聿键为帝，年号隆武，开始与清朝对抗。
1646年10月局势
1646 年二月，清朝再派大军南征，一举击破明军防线， 攻陷绍兴、金华、定海等浙东之地。但福建的郑芝龙却是不战而降， 八月二十八日，清军追至汀州， 隆武帝被俘杀。 九月十九日， 清军进入福州， 十月，在江西的金声桓部清军攻下赣州，江西全境也落入满清之手。
在西边的四川， 张献忠于八月焚毁成都， 弃城而走。 而在西南边陲，1645 年十二月蒙自土司沙定洲掀起叛乱，夺取云南首府昆明， 世守云南的黔国公沐天波被迫逃往楚雄。 至来年二月， 除楚雄以西的整个云南都归附了沙定洲
1646 年十月初十，桂王朱由榔在广东肇庆继位监国，这时传来赣南重镇陷落的消息，朱由榔逃往广西梧州，此时 清军李成栋、佟养甲部正迅速由福建向广东推进，清军均以布帕包头，伪称明军，偷袭广州
1647年12月局势
1647 年一月，李成栋部清军西进占领肇庆， 在攻陷梧州后在桂林受挫后退回广东。 此时清军已北上占领韶州，渡海占领琼州。四月时，广东十府均沦陷于清军之手。
清朝派孔有德、耿仲明、尚可喜由北京南下，径取湖南，于 1647年二月占领长沙。 此后， 孔有德又派耿仲明部北上攻常德， 尚可喜部西进取攸县。 到年底之时， 除湘西部分土司外， 湖南全境皆为清朝所得。
在西南，1647 年正月，张献忠被清军射死，清军迅速入川。 大西军余部在孙可望、李定国、刘文秀、艾能奇四将军的率领下急速南撤，渡过长江天险，进入贵州，占领贵阳。豪格统率的清军追至遵义，因地方残破荒芜，粮草不济，只得由四川撤回北京，只在川北据有保宁一隅之地。
1647年九月，大西军与沐天波达成协议，决定“共扶明后，恢复江山。 ”至此除沙定洲仍据守蒙自、阿迷州，东川土司禄氏仍存观望外，整个云南都为大西军平定。
而在东南沿海， 鲁监国已被据守东南沿海的郑彩等人由舟山迎至厦门， 1647年七月，趁清军主力北返，鲁监国率部亲征福建，一时义军飙发，远近响应。至1648 年 6 月，南明义军已一度攻陷福建三府一州二十七县之地。
1648年11月局势
1647 年十二月清军攻占全州，打开广西门户，1648 年正月江西总兵金声桓在南昌宣布反清复明， 除广信、赣州二城外， 江西全省皆反清归明。清军已调大军南下镇压。三月， 甘肃回民将领米喇印、丁国栋也发起反清起义， 连克西北各州又引兵东进，攻破兰州，声势大振，清朝在甘州也被义军包围
四月十五日， 清两广提督李成栋也在广东宣布反清归明。 即领兵北攻赣州，后又中计， 在赣州城下立足未稳，便遭突击，被打得大败。在湖南战场，清军得知江西反叛退保岳阳，明军趁机反攻：先后收复常德、辰州、靖州、黎平、武冈、宝庆等地； 督师阁部何腾蛟则收复了全州， 进攻永州。
十一月，攻下永州，重占宝庆，清军不敌，弃衡州而走。 长沙府属十二州县已被忠贞营攻陷九座，长沙已成孤注。至此，明军已收复湖南大部，清兵保据长沙、岳阳而已。这年十二月， 大同总兵姜镶也在山西反清， 到莅年四、五月，山西除省会太原及平阳外都被复明义军占据，反清起义扩展到北方。
1649年6月局势
1649 年正月，形式逐步恶化，清军突袭湘潭，湖南宝庆、衡阳、靖州等地重新沦陷，广西门户全州也失守， 堵胤锡及忠贞营部则由湖南郴州撤入广西南宁。而在江西，清军已围困南昌半年，正月十九日城破。在西北，清军于正月攻占甘州，不久又破肃州，丁国栋等人被擒杀。
二月， 李成栋再次北上进攻赣州， 三月初，明军在信丰被清军击败，兵溃慌乱之中，李成栋也坠马溺亡。二月十五日， 继姜镶在山西反清后，王永强也在陕西榆林起事， 南下占领延安， 恢复陕北十九个州县， 秦、晋两省反清势力已联成一片。 直到 1650 年十一月，清军才平定陕北。
1649 年十一月，清朝调定南王孔有德、靖南王耿仲明、平南王尚可喜三王旧部再次南下， 孔有德由湖南攻广西， 耿仲明、尚可喜经江西取广东。
1650年11月局势
1650 年除夕之夜，尚可喜与耿继茂部由江西偷袭广东南雄，又攻陷韶州，三月，清军围攻广州。 尚可喜见城坚难破， 先发兵招降惠、潮二州明军。六月， 郑成功垂涎潮州产量之地， 竟趁乱引兵攻打驻守此城的郝尚久，此时潮州以西的惠州已归附清朝，潮州已于南明隔绝，而又受到“友军”郑成功的攻击
于是郝尚久一怒之下再次投降清朝。十一月初二， 清军调集援兵大炮， 攻破广州城池， 杜永和由水路逃往海上琼州。1650 年九月，孔有德部进入广西，另一路由全州南进，南北夹击桂林， 明军战败。李成栋之子李元胤不忍广东全省重新沦陷清军之手，遂往高州、雷州收拾残部，准备再战。
此时， 孙可望已率军由云南进至贵州铜仁， 收编了黔省各地割据军阀， 准备与清军交战。这一年，郑成功夺取其占据的厦门、金门。
1651年12月局势
1651 年，清朝平、靖二藩攻陷广东雷州、廉州。1651 年十二月，由柳州南下的清军攻占南宁。1651 年三月，清军趁郑成功进攻广东之际，发兵袭取其在厦门的根据地； 七月， 清军兵分三路攻取鲁监国占据的舟山： 一路由杭州至绍兴， 一路由衢州经台州——两路军同至定海， 共取舟山。
另一路由台州乘船北上，吴淞水师则由海上南下。八月，清军在海战中击败明军， 于九月登陆舟山破城， 鲁监国等人被迫南下， 经温州海域三盘至福州海坛山，1652 年正月进驻厦门，与郑成功会合。同年， 在南宁屡受排挤、又不愿投靠孙可望的忠贞营在高一功的率领下经庆远、独山北上夔东。与袁宗第、刘体仁、李来亨等部会合， 后来这一带拥明抗清的武装一起被称为夔东十三家。
1652年10月局势
1652 年四月，李定国引军入湖南，连克靖州、武冈，至八月， 湖南大部州县都被明军收复， 除辰州孤城明军久攻未下外， 只有岳州、常德二城尚为清军据守。 明军在七月初四破桂林。攻克桂林后，李定国乘胜追击，收复梧州
顺治皇帝得知湘桂失利后急派敬谨亲王尼堪领八旗精锐往援湖南。 孙可望得知清兵即将奔赴湖南， 急调李定国由桂入湘， 于是广西大部重新沦于清军之手。十一月，尼堪大军进至湖南湘潭，明军退往宝庆。尼堪骄心自用冒进直奔衡阳，遭李定国重军伏击大败， 同一天，辰州孤城也被孙可望军攻克。
1652年二月， 吴三桂与李国翰已由汉中入川， 迅速占领成都、嘉定、重庆、叙州等地。八月，入川的刘文秀军开始反击，一举攻克叙州、重庆。九月时，清军已退至川北保宁。刘文秀光复四川大部后，率军追至保宁，中吴三桂埋伏，明军大溃， 刘文秀败回贵州。1652 年十月，郑成功进攻福建漳州失利
1654—1655年局势
孙可望逼走李定国后，亲统大军由武冈进至宝庆，1653 年与清军大战， 明军战败， 清兵趁胜占领宝庆， 双方开始在辰州、武冈一线对峙。李定国退入广西，脱离驻守贵州湘西的孙可望后，决定由广西向广东进军。1653 年二月，李定国重占梧州，师出广东，进抵肇庆城下。
自三月二十六日起， 李定国开始攻城，李定国攻肇庆未能得手， 只得于四月退回广西。而这时， 江南反清志士正密谋联络东西明军， 与孙可望军会师于长江。 1653年秋，张名振、张煌言统水师由福建北上，抵达长江口，1654 年正月直到瓜州，后因孙军不出，只得返航东下。
1654 年三月，李定国再次进军广东，攻陷廉州、高州，但此时清朝援兵到达，李定国被迫撤回广西，所复州县重新沦陷。1654 年十二月， 得到郑成功援军的张名振三入长江， 直逼南京
1654 年，郑成功夺得漳州、泉州，后毁城而去。1655 年五月，刘文秀水陆并进，进攻常德，由于天降大雨，陆军延期，水军被得到援军的清兵击败，进军长江的计划遂告失败。1655 年，郑成功遣水军北上浙江，南下广东。北征之师于十二月进抵舟山；张名振部也从沙洲航海南下进攻舟山。
二十六日， 舟山群岛和定海清军皆反正归明。南下广东的郑军在潮州揭阳战败，于 1656 年扬帆东返
1656—1657年局势
1656 年二月，趁李定国西返云南之际，清军迅速向广西推进，广西大部州县再次沦陷。1656 年七月，郑成功军攻克福州门户闽安镇，进军福州。1656 年，清军再攻舟山，于八月二十七日重占该岛。1657 年月八月，孙可望率大军由贵阳出师讨伐李定国，挑起内战。孙可望走投无路，深恨李定国
一怒之下投奔宝庆，剃发降清。 清廷得孙可望之助，尽悉云贵虚实守备，于十二月起兵三路，进军西南。
1658年局势
1658 年正月，清朝三路入黔：击败湘西明军，攻克沅州、靖州，一路西进，占领贵州镇远，四月入省会贵阳；至四月占领重庆， 遵义， 于五月与托罗会师于贵阳； 赵布泰军三月由湖南赴广西，取道桂林、南丹，与五月攻占都匀。至此。三路清军已在贵阳会师。
在明军节节败退之际，李定国奏请永历帝遣使前往川东，联络夔东十三家，令其西下攻重庆，以牵制清军。七月，夔东刘体仁等部攻重庆，吴三桂深恐后路被切断，率主力回防，将明军击败。十一月，夔东十三家水陆并进，再攻重庆，双方激战十余日，由于内变，明军水师大败，陆军也被迫回师东撤。
九月， 李定国决定分兵把守关岭、七星关、贞丰， 以挡清军， 未成。 十二月，清朝大军已至曲靖。 永历朝廷大为震动， 决定由建昌北撤川西， 但马吉翔等人私心自用，撺掇永历帝及李定国西逃，最终逃往滇西。1658 年八月，郑成功趁清军主力聚于西南之际，乘船北上欲入长江。不料八月驶至浙江羊山突遇飓风，兵船损失颇大，只得南下浙江，以图再举。
1659—1644年局势
1658 年十二月十五日，永历君臣撤往大理。1659 年正月初三，清军未经抵抗即入昆明，初四，永历帝至永昌（保山）清军发兵追击， 克永昌， 渡过怒江直逼腾冲。 永历帝经边境铁壁关逃入缅甸境内，于五月经水路至缅甸首都阿瓦。1659 年吴三桂部又平定川南叙州、嘉定等地七月清军进入成都
1659 年，郑成功与张煌言再次北上，夺取定海，由吴淞口入长江，破瓜州、陷镇江，逼近南京。张煌言率前军西上， 招抚上游各州县来归， 一时大江南北群起响应， 徽州、芜湖、巢县、当涂、太平、铜陵、宣城、无为等地依次归附。清廷闻南京危急， 急调清兵支援， 于七月击败郑氏陆军
1662 年四月，永历帝被绞杀于昆明。李定国军得知永历皇帝被清军俘杀的消息伤心备至、不久发病死于景线。其部下不久便纷纷降清。1662 年二月， 在东南率军渡海的郑成功收复荷兰人盘踞三十余年的台湾岛，在海外另辟乾坤。
1662 年永历朝廷覆亡后，只有东南沿海郑成功、张煌言部和川东鄂西的夔东十三家还在坚持抗清。1663 年正月初一，清朝发三路大军会剿夔东，双方在山险岭峻之地鏖战九月，均损失惨重。十一月，清军调西安满兵经汉中入川，助攻夔东。夔东十三家最终不敌，刘体仁自缢，袁宗第、郝摇旗被俘，夔东抗
抗清基地失陷。至此，明室在大陆已无寸土。郑成功在收复台湾的次年，即 1663 年五月病卒，其子孙郑经、郑克塽相继保有台湾。清康熙二十二年，清朝水师大举攻台，郑克爽不敌，于 1683 年降于清朝。