等到1368年，朱元璋得天下而建大明，登基为帝后册封马氏为皇后。即使已经贵为皇后，马氏还是一如既往地保持着过去俭朴的生活作风，绝不享受锦衣玉食，不仅粗茶淡饭，衣服旧了破了就自己缝补。除了以身作则，马皇后还带着后宫的女人一起刺绣和纺织。而朱元璋几次想要封赏她的亲戚和族人，她也一再以不合法律为由坚定地拒绝。此外，她也爱民如子，十分关心百姓的生活，时常规劝朱元璋要减轻刑罚。马皇后可谓真正做到了母仪天下，所以朱元璋对她一直保持很大尊重，对于她提出的意见也常常会认真考虑。

根据《明史》记载，马皇后为丈夫生下了五个儿子和两个女儿，其中就有后来的明成祖朱棣，她对他们慈爱有加，又严厉教育。此外，她和朱元璋还有不少的养子以及当初认的义子，马皇后也一向视如己出。

1382年，马皇后病逝，享年51岁。