李旦第二次登基是因为哥哥李显的皇后——韦后之乱。因为韦后想效仿武则天自己当皇帝，所以也就处处模仿武则天，最终激起了内乱。这时候李旦的妹妹太平公主和李旦的三儿子李隆基联络了禁军，杀掉了韦后，扶植了一个小皇帝。很多大臣想让李旦登基当皇帝，李旦多次推辞，最终才接受了众大臣的请求，第二次登基当皇帝。

在这次登基之前，有一次武则天想让李显登基当皇帝，但是为了显示自己的权威，所以又让李旦登基当皇帝。但是李旦深知自己母后其实是不想让他登基当皇帝的，而且如果自己和皇兄李显争皇位的话，对哥哥李显的性命也会造成很大的威胁。因此李旦就放弃了这一次登基的机会，让位给了自己的哥哥李显。