三道清气化身为三清，也就是太上老君、元始天尊与通天教主，而十二道浊气则变为十二祖巫。也就是说元始天尊是盘古的化身，他是盘古的一部分，但盘古却不只是他一人。所以第一段中在宇宙诞生之前存在的并非元始天尊，而是元始天王，也就是盘古。

从文化体系上来看，关于元始天尊与盘古之间关系的说法是，盘古女娲等是上古神话中的代表人物，而元始天尊、太上老君、通天教主三清则是道教文化的最高神，两者属于不同的体系，并不能合为一体来讨论。在道教文化中，三清自天地中孕育而出，化为最高神，三位神明以友相称共同管理世间万物。

另一种说法是，所谓盘古，是上古强大的神的统称，也就是说忽略文化体系的区别，盘古、鸿钧、女娲等上古神明以及三清最高神都可以被称为盘古。