后来发生了八王之乱，晋惠帝被其叔祖司马伦篡权夺位，他以晋惠帝为太上皇，将他囚禁在金墉城中。司马伦称帝之后，齐王司马冏等人起兵造反，大家共谋最终杀死了司马伦及其党羽，迎晋惠帝司马衷复位。但与此同时，司马衷又被诸王辗转挟持，受尽了凌辱，在306年的时候被东海王司马越迎回洛阳。

在光熙元年十一月十七日，也就是307年1月8日的夜里，司马衷突然驾崩，享年28岁，相传是被司马越毒死的。司马衷死后谥号孝惠皇帝。

纵观晋惠帝司马衷的一生，虽然贵为皇帝，但是却一直被别人牵着鼻子走，形同傀儡，最终被人下毒害死，结局可谓是十分悲凉。