孝武帝去世后，刘子业登基，刘子业是一位暴君，对于自己的叔叔们，也是很暴戾，他将自己的叔叔们软禁在皇宫中，并且时常侮辱他们，还计划杀了刘彧，因为刘彧在他的叔叔中威望很大。

刘彧看到自己的处境非常危险，就派遣自己的亲信阮佃夫贿赂刘子业的侍卫，先下手杀掉了刘子业。在刘仁休的推举下，刘彧当上了皇帝。京城中的诸王都是孝武帝的兄弟，他们都支持刘彧登基。

但被分封在各地的藩王都是孝武帝的儿子，他们不同意刘彧当皇帝，他们推举了刘子勋当皇帝。当时的刘彧，处境非常危险，因为他只掌管着中央的一小块领土，大部分的领土都在各地藩王的手里。

而刘彧采用各个击破的方式，利用诸藩王之间的矛盾，逐渐平定了各地的叛乱。但在这场战乱中，南朝领土丢失了淮南与山东地区，这两个地区都是北魏趁着南朝内乱的空隙派兵侵占的。刘彧即位的时候，引发了刘宋的内乱，在刘彧晚年的时候，他为了防范自己的兄弟对自己的太子造成威胁，就借故处死了很多皇族子弟，这造成了中央与地方军镇之间的猜忌加深。其子刘昱登上皇位以后，刘宋又一次爆发了内乱，但在这次内乱后，萧道成夺取了刘宋的朝廷大权，建立了南朝齐国。