成平公主像

朱由检的后代身上充满了谜团，朱由检年轻丧国，在临终之际，保全了自己的儿子们，但是却也亲手杀了自己的女儿，而成平公主则被朱由检斩断了一只胳膊，后来得以保命。朱由检的三个儿子的下落，至今无人能够给出一个合理的解释，众多的明代文献中对其解释也多有争议。朱由检的太子朱慈烺自从明朝灭亡之后，就一直都无人知道其下落，很多人认为他可能出家为僧，而朱慈炯、朱慈炤也无人再知道他们的去处。有很多学者认为他们可能和朱允炆一般，其结局都是无人能知的。

朱由检的后代一直都是大清王朝不安定的原因之一，由于亡国剧痛，朱由检的后代们也多次想要伺机复国，大清似乎也看出了朱由检的后代们的心思，于是开始安抚他们。长兴公主死而复生之后，就得到了大清的特别对待，但是却依旧不久身亡，而朱由检的儿子的下落则无从而至。因此如今很多人自称是朱由检的后人，也难以让人相信。