后来，原本因为身体重病快要驾崩的老皇帝突然莫名其妙的好了，因为皇子和齐王都是下一任皇帝的候选人，皇子是齐王的竞争对手，所以齐王就在老皇帝面前说了申力行的办案结果。老皇帝特别的生气，就把皇子软禁了起来。因为皇子有了罪名，齐王就名正言顺的可以继承王位。然而就在齐王能够登基的时候，申力行发现了重要的线索，原来自己的杀父仇人就是齐王手下的苏溢清。

原本失去父亲的申力行悲痛欲绝，现在知道了自己的杀父仇人，他就把事情的真相公布于众，一切事情的策划者都是齐王。齐王走投无路，只能起兵造反。皇子被释放出来，在申力行的辅助之下平息了齐王的叛乱，最终登上了王位。以上便是对《六扇门》结局如何这一问题的解答。