公元25年，刘秀当了皇帝。有一次，光武帝和家属到了新野躲避官吏时，曾经住在邓晨的家里，他们俩很是亲密。邓晨于是趁此机会对光武帝说“王莽悖乱暴戾，盛夏杀人，这是上天想要灭他啊。以前在宛城聚会时说过的话，当时及觉得会在你身上应验吗?”光武笑着不答话。
同年，册封邓晨为房子侯。公元27年，又担任光禄大夫，受刘秀的命令去监督贾复这些人平定逆贼。邓晨喜欢郡守这一类的职位，因此担任中山太守，不管是士兵还是普通百姓，都极力称赞他。邓晨在冀州各郡的政绩考核中常常是第一名。公元37年的时候，又改封他为南变侯，让他担任汝南太守。公元49年，邓晨离世，谥号为惠侯，和妻子新野长公主刘元合葬在北芒。光武帝和皇后亲自为他吊丧送葬。??