在这之后储安平是非常孤独的，他时常窝在家里，也不愿意与人交流。后来又被关到了九三学社，不过前期的日子还算是过得去的。直到后来，储安平才迎来了他真正的灾难。这时候的储安平在九三学社中已经几乎完全失去了自由，过得也是很差的。在此后很长一段时间，储安平都生死不明。有的报刊杂志也曾经探究过储安平最后到底怎么样了，但始终没有准确答案。有人说他在北京跳河死了，也有人说他在天津跳河死了，还有人说他从新疆逃到了苏联，还有人说他在九三学社遭虐待死了，总之众说纷纭。

关于储安平最后到底怎样了，至今仍然是未知。