1990年代，随着南斯拉夫共产主义者联盟解体，南斯拉夫联邦各国纷纷独立，唯有塞尔维亚、黑山两国未独立。黑山于1992年举行独立公投，95.96%认为应继续留在南斯拉夫联邦之内。当年的投票率为百分之六十六，天主教徒和穆斯林以及倾向独立的黑山人都在抵制这一项公投，认为这次公投从各方面来讲都不够民主，国营媒体过多为亲统一(塞尔维亚)的一方宣传。之后黑山共和国内在独立议题上时有纷争。

1996年，米洛·久卡诺维奇政府宣布和米洛塞维奇掌权的塞尔维亚断绝关系，从此以后黑山自行制定经济政策，改用德国马克(后来德国废除马克，采用欧元，黑山亦改为欧元)。从此塞尔维亚第纳尔在黑山不是法定货币，只能在一些度假村使用。

由于和米洛舍维奇掌权的塞尔维亚断绝关系，黑山在接下来的南斯拉夫和科索沃战争中受到损伤并不如塞尔维亚来的大，局势也较塞尔维亚稳定许多。

2000年南联盟大选后，执政十多年的塞尔维亚强人米洛塞维奇被迫下台，使得欧盟与南联盟恢复外交关系，西方因此由支持黑山独立，暂时转向支持维持现有的联邦状态。但塞尔维亚和黑山间的关系并没有因为西方国家支持维持现状而改善，而1992年南联盟的宪法中又没有提及关于联邦共和国实体独立的权利及过程，从而引发争论。后来在欧盟的调停下，双方于2002年3月14日在贝尔格莱德签署协议，决定将联邦变为由两个各自拥有经济、货币以及关税决定权的半独立(semi-independent)国家所组成，并且更名为“塞尔维亚和黑山”。另外依据此协定通过了联邦的新宪章，明定宪章通过三年后，任何一方都有权提出脱离联邦。

黑山国会于2004年7月12日采用新的国旗、国庆日、以及国歌，以推进独立进程。其中国旗基于前黑山王国的国旗，国庆日纪念1878年7月13日签订的柏林条约承认黑山为独立国家，以及1941年7月13日爆发的反法西斯起义。国歌则为黑山著名民歌。

2006年5月21日举行独立公投，独派以55.5%的微弱优势决定终止与塞尔维亚的联邦关系，刚刚超过55%欧盟规定的有效结果票数。6月3日，黑山议会正式宣布独立，6月28日黑山正式加入联合国。