政治制度
1「三管领」与「四职」的设置:
室町幕府和镰仓幕府一样，以代天皇统治全国的思想，设立各种机构与官职。将军仍是幕府行政的最高负责人，综理一切政务。其下置「管领」，类似镰仓幕府时的「执权」，目的在辅佐将军处理政务，为了防止如北条氏的擅权情况发生，并产生相互制衡的效果，所以管领一职例由足利氏一族的斯波、细川、畠山三氏轮流担任，谓之「三管领」。
管领之下仍有侍所、问注所、政所等机构。其中以侍所最为重要，负责处理足利氏御家人的统制与刑事诉讼，其首长为「所司」，例由山名、一色、京极、赤松四氏担任，谓之「四职」。透过「三管领」与「四职」的设置，幕府得以笼络这些守护大名。
问注所为保管幕府纪录文件，负责处理文书之谬误、伪证、证件遗失等诉讼之审理工作，其首长称为「执事」。政所与镰仓幕府处理一切政务有异，为主持幕府财政，并审理有关买卖、借贷、质押等方面的问题，其首长亦称为「执事」。
另外在镰仓地方设有「关东御所」，其下有「关东管领」。关东御所由尊氏次子基氏及其子孙世袭，管辖日本东部、东北部地方，除了守护由将军任免外，其他事务均委由其手，有与幕府相同之机构，结果造成之后不时有关东管领与室町幕府对立的乱事。此外，在九州设有「九州探题」，东北地方设有「奥州探题」、「羽州探题」等官职，也都由有力的守护大名世袭担任。
2 地方上的守护领国制
与镰仓时代一样，室町幕府在诸国置守护、地头，惟其性质与镰仓时代有异。镰仓时代的直属幕府的守护与地头，俱为将军的御家人，有主从关系。但在室町时代，为对抗南朝，将军需要他们的协助，形成一种联合的政权，他们对将军无绝对服从的观念，端看利害关系来决定如何行事。诸国守护也由原本军事的机构，逐渐吸收国衙所属机构的权力（行政、财政、警察等），将庄园纳入其统治之下，并且透过世袭强化其势力，这样的情况被室町幕府纳入体制之后，称为「守护领国制」，也称为「守护大名」。
经济制度
1 贡舶贸易与「勘合船」
十三世纪末元军东征之际，中日关系虽曾有过短暂的紧张局面，但是随着战事的结束，彼此之间的交通贸易又恢复以往的频繁。值得注意的贸易模式，是日本方面为了筹措营建寺院的经费，而派遣专门的船队进行贸易。如足利尊氏曾于1341年为营建京都的天龙寺，而派遣由博多商人组成的「天龙寺船」前往元朝贸易。同一时期，日本西国的商人与武士也到朝鲜半岛或中国从事私人贸易，但是当他们无法顺利交易或交易不利时，便采取抢夺行为，这些人被称为「倭寇」。随着南北朝乱局的持续，这种情形逐渐显著，因为他们亦商亦寇难以分辨，加上遇到军队的追剿就会逃回日本，所以问题越来越严重，中国与朝鲜半岛的沿海因而无法平静。
元朝末年，中国群雄割据，甚至有些地方势力还与倭寇互相合作，一直到1368年明朝建立，才开始着手处理倭寇问题。明太祖朱元璋采取的是消极的海禁措施，颁布禁令，不准中国人「下海通番」。这样的措施虽然让倭患稍微减轻，制止了中国人「假倭为乱」的部分，但是来自日本的「倭寇」并未完全解决。明朝的海禁政策使得中日贸易受阻，对幕府极为不利。在足利义满控制全国后，就开始积极地向明朝寻求合法的贸易关系。
明太祖在位期间（1368～1398），对于日本采取防备的态度，所以虽然义满遣使节递交国书，但是被拒绝。直到明成祖朱棣夺得政权，才开始进行以朝贡为名义的贸易，又称为「贡舶贸易」或「朝贡贸易」。由于对日本国情不明，所以明朝称足利义满为「日本国王」，并赐予「日本国王」金印与「勘合底簿」，于是明朝成为日本的宗主国，这种朝贡关系并不是对等关系，但是对于需财孔亟的室町幕府来说，外交上的身份地位不重要，重要的是藉由按时到明朝朝贡，可以进行正式的合法的贸易。对于明朝来说，则是要求义满能够取缔倭寇，或送还被倭寇所掳之中国人。
按规定，日本每十年一贡，人止二百，船止二艘（后扩大为人不过三百，船不过三艘）的规模，由幕府将军以「日本国王」的名义，向明朝奉表称臣纳贡；船队在进入中国港口之后，必须查验「勘合底簿」上的文号关防是否正确，无误后使节团便可以经由明朝的大运河系统前往京师（一开始为「南京」，之后为「北京」）递交国书与贡品。递交国书与贡品之后，会获得明朝朝廷的优渥赏赐，这部分的利益是属于幕府将军的。同时，其他船队或使节团的随行人员则可以在港口宁波或京师进行被官方同意的贸易，由于使节团经过的地方都是中国繁荣之地，他们来回之际，也促成交易的繁荣。
2 经济制度的内容
镰仓幕府是以其直属领地的收入作为财政基础，并随其需要而得向诸国之守护、地头课征税赋。然而室町幕府对于守护与地头的统制并不彻底，故其主要经济来源为分散于各地的二百余处之「御料所」，即直辖领地，由将军的近臣以「代官」的身份负责管理，并代征「年贡米」、「年贡钱」，作为将军家之生活费与「代官」之俸禄。必要时，虽然也向诸国之守护与地头课税，但他们未必听命。 为了增加税收，室町幕府开始重视对商业税的征收。如在畿内的交通要冲设「关所」，对往来的商贩征收「关前」，在渡口收取「津料」。并且对京都内外的「土仓」（当铺）与「酒屋」（酒坊），课征「仓役」与「酒屋役」。也会透过各地的守护、地头向成为课税对象的田（「公田」），征收「段钱」；向成为课税对象的的民房（「在家」），征收「栋别钱」。如临时有事需要经费而无着落，有时也向「有德人」（富者）借贷。幕府财政自始即很不安定，为了解决经济拮据的问题，乃对明朝从事贡舶贸易，此项收入逐渐成为幕府的最大财源。