后来，在相关的后续禁门之变中，长州藩主毛利敬亲及他的养子毛利元德曾经被授予的国司亲相的军令状被发现，于是长州藩则被指为是朝廷的敌人。此外，在政变之前，每一位长州藩士兵的鞋底都写上了“萨贼会奸”的字样，意指在行走的时候就好像能把自己的仇敌踏在脚下一样。对于在政变之后，关于长州藩与萨摩藩、会津藩的仇恨可以说是遗留到了后世。

而关于此次的禁门之战，也同样成为了之后幕府第一次征伐长州的导火线。从此，倒幕运动开始进入了蓬勃发展的阶段，而幕府政权则趋于崩溃，日本的政权可以说是正处于一个动荡不安的时期。