从这时开始弗莱明正式在医学上开始展露头角，后来他陆续发现青霉素将会有重要的用途，但他自己没有发明一种提纯青霉素的技术，所以导致十几年都没有投入使用。后来在1939年，英国的澳大利亚人瓦尔特·弗洛里和德国的鲍利斯·钱恩他们重复了弗莱明的工作，并证实了他的结果，然后提纯了青霉素，1941年给病人使用成功。后来在国家的鼓励和帮助下很快找到大量生产青霉素的方法，1945年以后，青霉素遍及全世界。1945年，弗莱明、弗洛里和钱恩共获诺贝尔生理学及医学奖。1943年微生物学家弗莱明成为英国皇家学会院士，1944年被赐于爵士。匈牙利在1981年还发行了弗莱明诞生100周年的纪念邮票。

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