随着胡安娜的状况越来越恶化，她的父亲和她的儿子相继掌握了西班牙王国的大权，仍将她一直关押在托尔德西里亚斯城堡里，直到她去世。

美男子腓力普与胡安娜

美男子腓力普与胡安娜之间的婚姻是不幸的，他们的结合也是政治结合的产物，目的是奥地利和西班牙之间结成家族联盟，用以针对法国的计划的一部分。腓力普或许从始至终都没有爱上过胡安娜，而胡安娜却对他痴心不已。

腓力普与胡安娜

胡安娜父亲斐迪南二世仅生有一个儿子，名叫胡安。本来胡安是西班牙王位无可争议的继承人，但是他死在斐迪南之前，而胡安娜的姐姐，也几乎在同时去世，因此胡安娜成为了西班牙唯一的合法继承人。

从胡安娜开始嫁入佛兰德开始，腓力普就开始想方设法孤立他的妻子。这让胡安娜十分不安，再加上其家族天生遗传的精神类疾病，使得胡安娜日渐显露出失常的样子。不久之后，胡安娜发现了她的丈夫腓力普有了外遇。这件事令她无比嫉妒和疯狂，经常殴打她怀疑和丈夫有染的侍女，并且恐吓腓力普。腓力普只好将其关押起来。

美男子腓力普与胡安娜的婚姻是政治的产物，同时政治也给他们带来了不幸。当胡安娜的母亲伊莎贝尔去世后，胡安娜顺理成章应继承西班牙的皇位，但是由于她精神失常被关押，所以她的父亲斐迪南二世和腓力普之间产生了强烈的政治矛盾。斐迪南声称女儿被腓力普绑架，自己才是西班牙王位的合法继承人。腓力普当然不会坐以待毙，他在1506年4月28日率领德国雇佣军在西班牙登陆，此举震惊了斐迪南，大战一触即发。但就在这个时候，腓力普忽染伤寒去世，斐迪南名正言顺地和女儿享有了西班牙的共治权。

腓力普的死，给予胡安娜更沉重的一次打击，使得胡安娜的精神状态更加不堪，被她父亲和儿子长期囚禁，直至去世。