在丰臣秀吉死后，发生了关原之战，安国寺惠琼请求毛利辉元加入西军，随后就在南宫山布阵，在得知小早川秀秋叛变的消息后，立即撤退。惠琼扮成小沙门跟在毛利秀元散部的后面准备溜走，到近江时，从那须一个村一路逃到了朽木谷。他知道毛利秀元私通东军，那样做是为了逃避危险。后来他越过山城坂，穿过八濑和小原，偷偷潜入鞍马山的月照院。但那里也不是一个令人安心的地方，于是，他又逃离了鞍马山，本打算在六条一带藏身，不料却被与他有私怨的乐镇发现。因为乐镇告密，安国寺惠琼最终落在了所司代奥平信昌的手里，在京都的东福寺被抓捕，和石田三成和小西行长一同斩首示众。