毕业后的孟德尔在当地的一所中学里教自然科学课。他专心教书受到了学生的喜爱，后来孟德尔进了修道院以后也曾经在当地的高级中学担任自然科学课的教师，后来又来到维也纳大学深造，受到了相当严格的科学教育与训练，这也为后来的科学实验打下了基础。从维也纳大学回来不久，孟德尔就开始研究豌豆实验，长达八年的时间，孟德尔对各种不同的豌豆进行细致的观察和分析，他的实验方法需要长期的耐心与严谨的态度，否则很难完成这一研究。他很爱自己的工作，经常对别人说这些豌豆们都是他的子女。

终于，孟德尔发现了生物遗传定律，并且有相应的数学关系公式。孟德尔开始研究豌豆的时候，达尔文的进化论刚刚问世，他研究了达尔文的著作，从中学到了很多。至今保存着的孟德尔遗物中就有好几本达尔文的作品，里面还有孟德尔的批注，从这里可以看出孟德尔对达尔文的关注。

总体说来，孟德尔的职业并没有一个固定的模式，但很显然，孟德尔最爱并且最热衷的就是生物遗传学。