马鹿洞人，又称为蒙自人。1989年，在云南省蒙自的马鹿洞发现了三具人类化石。直到2008年才开始和澳大利亚的11个机构共同合作研究。

研究团队认为蒙自马鹿洞人头骨形态上，保存着距今十万年前早期智人的相似特征，有巨大的臼齿。眉脊粗壮，十分醒目，而左右眉脊间呈波状；眉额沟显著，在眉脊与额骨间，形成一条横向凹宽的沟；头骨较厚，最厚处为7毫米。由此认为，马鹿洞人代表一种新的过去未知的全新人种。

对马鹿洞人类股骨的测年显示，其年代距今1万4千年左右，处于人类从狩猎采集时代向农业时代过渡发展阶段，是相对比较近的年代。这一新发现之前，大家以为只有现代智人独占东亚大陆，没想到还有其他和现代人不同的人种也生活在这片大陆。

马鹿洞人的线粒体

最新发表的研究，从线粒体和核基因组序列均证实马鹿洞人与解剖学上的现代智人（AMH）属同一批人群，即七万年前左右走出非洲的最后一批人群。她的线粒体属于M9型的根部分支，与M9下两个大支M9a’b、E属于不同的分支。M9a’b在中国藏族人群中比较常见，频率在20%以上。E在太平洋南岛人群中常见。而本次研究的马鹿洞人M9*，属于已灭绝的母体分支，没有后裔遗留至今。

马鹿洞人与古北方人有特殊联系

马鹿洞人的常染主要是南方成分为主（浅绿），其次是北方成分（深绿），另外还具有一定的美洲原住民成分（褐色）、欧洲成分（纯蓝）等。笔者认为，这里的南方成分大概表明马鹿洞人与南方人群都属于南线迁徙起源因素。小编认为，这里的南方成分可以解释马鹿洞人在南方定居后与古南方人群（直接或间接）发生混合，而有了这种成分（浅绿）。但马鹿洞人身上的美洲原住民成分却很不寻常。其它一些研究揭示，美洲原住民主要是1万多年前由东北地区迁移进入美洲，他们明显属于古北方人群。另外，马鹿洞人居然还检测到欧洲成分，在亚洲东部群体中，最早具有这一成分的是3.4万年前的salkhit，位于蒙古国。而在早期的东南亚人群中未发现过。这都说明马鹿洞人与北方人群有特殊关系。

f3分析现代样本中，马鹿洞人更接近于华南而非华北，而在古代样本中，这种对比就不太明显。尽管马鹿洞人的地理位置靠近东南亚，但马鹿洞人对现代和古代东南亚人的亲和力显着降低。

通过外群f3检验马鹿洞人与全球种群的遗传亲和力，表明东亚人对美洲原住民的贡献可能起源于南北东亚分歧之前。

此外，进行比较美洲原住民与马鹿洞人、古代沿海东亚人和古西伯利亚人的亲和力，观察到最早美洲人都表现出与马鹿洞人的亲和力高于来自东南亚的晚期和平人群、日本绳文人群以及UstIshim（45. 0 kya）、田园洞（40.0 kya）、Salkhit（34.0 kya）、Sunghir（33 kya）、YanaOld（32.0 kya）和MA-1（24.3 kya）。因此，马鹿洞人通过全新世的东亚人群与为早期美洲人做出基因贡献的东亚人有着深刻而间接的联系。