秦朝的中央行政机关实行三公九卿制。皇帝之下设三公，三公为：

（1）丞相，承受皇帝之命，辅助皇帝掌管天下的行政的官；

（2）太尉，掌管军事的最高官吏；

（3）御史大夫，主要管理记事，其地位相当于副丞相，主要职责是管理图籍、奏章，监察文武百官。御史大夫下设御史中丞，掌管图书秘籍，同时监察文武官吏；侍御史，掌管文书；监御史，中央派到地方各郡负责监督郡守的御史。

三公之下设九卿，作为中央行政机关分掌具体行政事务，如祭祀、礼仪、军事、行政、司法、文化教育等。包括：

（1）奉常，掌管宗庙礼仪，地位很高，属九卿之首；

（2）郎中令，掌管宫殿警卫；

（3）卫尉，掌管宫门警卫；

（4）太仆，掌管宫廷御马和国家马政；

（5）廷尉，掌管司法审判；

（6）典客，掌管外交和民族事务；

（7）宗正，掌管皇族、宗室事务；

（8）治粟内史，掌管租税钱谷和财政收支；

（9）少府，掌管专供皇室需用的山海池泽之税。

地方官制

战国时期诸侯国普遍施行郡县制度，秦国设县始自秦孝公十二年商鞅变法。秦始皇二十六年，正式划分天下为三十六郡，后来陆续增设至四十余郡。

咸阳是国都所在地，不设郡守而由朝廷直辖，其长官为内史（《汉书·百官公卿表》：内史，周官，秦因之，掌治京师），位同九卿，得参预朝政。内史属官有：

都水长、都水丞，掌水利；

铁官长、铁官丞，掌冶金、制造农器；

廪牺令、廪牺丞，掌粮食仓库和牧养祭祀用牲畜。

郡制

郡作为一级行政地方，军民兼治。郡设郡守、监御史、郡尉三个互不隶属的主要官员。

郡守

郡守，郡的长官，边地多为武将，内地多以郎官出任，银印青绶、秩二千石。秦朝的郡守权力非常大，除了由朝廷直接任免的县令县长、负责监察郡治的监御史、负责统领驻军与管理治安的郡尉三者外，郡的其他官员均由郡守自行任免。

监御史

监御史，隶属御史中丞，负责监察郡守与其他官员。

郡尉

郡尉，掌郡驻军，主管治安、侦缉盗贼，银印青绶、秩比二千石。郡尉直辖于朝廷，与郡守相抗礼。郡尉属官有丞，内地诸郡设丞一人、大郡则设两人。边塞诸郡则每百里置都尉一人，都尉辖士史、尉史各二，掌边塞卫戍；关隘之处置关都尉，均隶属本郡郡尉。

郡丞

郡丞，郡的次官，辅佐郡守综理郡政，铜印黑绶、秩六百石。郡守缺位或不能理事时，郡丞代行郡守职务。属官有卒史、主簿、牧师令等。边塞诸郡另置长史，管理兵马军政，与郡丞同秩。

县制

县为秦朝最低一级行政地方，秦朝的正式官职也仅仅设在县一级。

县令、县长

秦朝按县的人口多寡，万人以上的县置县令、以下的县置县长。县令铜印黑绶、秩千石至六百石，县长铜印黄绶、秩六百石至五百石。县令与县长都是县的行政长官。

县丞

县丞为县的次官，职比郡丞，铜印黄绶、秩四百石。

县尉

县尉掌治安、捕盗之事，职比郡丞、唯不掌兵，秩同县丞。

功曹

功曹，掌县吏的考绩等第升降。

令史

令史，管理文书档案。

狱掾

狱掾，县狱的典狱长。

文无害

文无害，所谓公平吏，掌巡查监狱，复查案卷，以防止冤狱。

厩驺

厩驺，掌一县车马之政。

仓吏

仓吏，县库的长官。

治狱吏

狱吏，县狱的狱卒。

乡亭

县以下置乡，乡以下置亭，亭以下置里。这些都是以宗族为核心的人民自治组织。

三老

三老，一乡德高望重者充任，掌教化，有所谓孝悌仁义之家可以申报郡县予以表彰，并可以推荐优良子弟出任郡县吏。

有秩，啬夫

人口达五千人的乡，由郡指派一人为有秩；不足五千人的乡，由县指派一人为啬夫。两者职责相同，都是调解邻里纠纷、帮助政府收取赋税、安排徭役。

游徼

游徼，为徭役的一种，掌巡察地方、缉捕盗贼。

亭长

亭长，吏职，也是徭役的一种，汉高祖在秦朝曾任此职。掌同啬夫。亭长之属为亭父、求盗两卒，前者负责本亭保洁、后者负责追逐盗贼。