经学研究
浙东学派的经学研究，由黄宗羲开其端。黄宗羲强调经学研究的必要，对宋儒将“河图”、“洛书”、“先天”、“太极”等引入《易》学研究领域造成晦而不明进行了批评。他所撰《易学象数论》便是批驳邵雍、朱熹先天《易》说的，它开启了毛奇龄、万斯大、姚际恒等人从哲学和考证方面的《易》学研究，对乾嘉考据学的兴起，也极具启蒙意义。又如黄宗羲的《授书随笔》虽因阎若璩之问而作，但实可视为阎若璩《尚书古文疏证》的先导。因此，江藩推黄宗羲为清学开山，与顾炎武并列。
浙东学者中，专以经学见称的是万斯大。万斯大师从黄宗羲，经学研究主张“非通谙经，不能通一经;非悟传注之失，则不能通经;非以经释经，则亦无由悟传之失”。这在清初对于致力于经文本义，冲破宋儒“传注之重围”，归还儒经本来面目，具有积极的意义。万斯大经学研究偏重《三礼》，被当时学者誉为“冠古今必传之作”。萧山毛奇龄虽学术渊源于理学，但他融末学义理于经学考据中，反对杜撰臆说，主张“说经贵有据”。
他遍治群经，引据古人，辨讹正误，如认为《大学》无古文、今文的区别，指出宋儒图书《易》说之非，考证周敦颐《太极图》出于道士，证明《太极图说》之援老入儒，成为一时定论。毛奇龄的经学研究尤以《周易》最称专精，在清初《易》学诸家中，不惟论著述之繁富，而且表彰汉学，复原汉《易》。因此阮元认为清学的真正开创者“非检讨(指毛奇龄)开始之功则不可”。
史学研究
浙东学者在研究经学的同时，对史学也进行了深入的研究，并取得了突出的成就。
对明代历史的研究
黄宗羲撰有《弘光实录》、《行朝录》，选编卷帙浩繁的《明史案》、《明文案》及增益《明文案》而成的《明文海》。前者一部分在当时属现代史，很多史实是他的亲身经历所载，具有很高的历史价值，后一部分是他为编修明代通史所选的有关资料。如《明文海》被《四库全书总目提要》称为“其搜罗极富，所阅明人文集几至二千余家”，“其他散失零落，赖此以传者，尚复不少，亦可谓一代文章之渊薮。考明人之著作，当必以是篇为极备矣。”万斯同独力完成的《明史稿》五百卷，被誉为“(司马)迁、(班)固以后一人而已”。今传《明史》即以此为蓝本。又仿照《通鉴》作《明通鉴》，对明清鼎革之交的历史作了详尽的描述。此外如邵廷采的《东南纪事》、《西南纪事》、万言的《崇祯长编》等都是有关明代历史的学术专著。
学术史的研究
黄宗羲的《明儒学案》是综述明代学术思想史的专书。在《明儒学案》以前，原有周汝登的《圣学宗传》和孙奇逢的《理学宗传》等书，对宋明理学(包括王学)的传授和见解，先后进行了整理。黄宗羲以这些书驳杂不纯，且多遗漏，乃搜集各家文集语录，本着“一本万殊”的精神，客观地对待明朝一代儒学的各家各派，无论其学术倾向如何，皆兼容并包，分别予以立案。《明儒学案》揭示了明代二百余年学术思想发展的脉络，条分缕析，珠联壁合，浑然一体。黄宗羲还草创了《宋元学案》，此书经过其子黄百家和全祖望、王梓材先后续补才告完成，此外尚有万斯同的《儒林宗派》十六卷，以图表的形式列出“纪孔子以下迄于明末诸儒”，所载人物之多实属空前，时间跨度超越了万斯同以前的整个中国封建时代，这种对中国学术思想的大规模清理，在中国历史上尚属首创。邵廷采所撰《阳明王子及王门弟子传》、《蕺山刘子及刘门弟子传》也是有关明代学术思想的专著。
史学理论的研究
浙东学者对史学理论的研究最为引人注目，如黄宗羲认为历史研究必须经世致用，万斯同强调“生之谓变”，全祖望主张“旁罗博综”和“推原其故”。而章学诚的《文史通义》提出的“六经皆史”，将中国古代史学理论的研究，再次推向高峰。章学诚认为六经只是先王施政的历史记录，六经皆史的“史”，专指史学，而不是指历史资料。六经所以皆史，是因为其中有“史意”存在，他认为编撰历史，必须具有史意，并兼及“经世”之用，反对那种泥古不化，墨守师说，言古必胜今的论调。正是基于这种认识，章学诚从“六经皆史”、史学是“经史”之学立论出发，探讨古今学术源流的演变，从而提出了一整套对史学的看法，如他认为修史“必知史德”、“事溯已往，理阐方来”等。“六经皆史”这一命题的提出，不仅是针对当时脱离实际的考据学和空洞说教的理学的批评，而且继承了黄宗羲等人经世致用的思想，改铸了传统史学理论，具有创立新时代文化的时代课题的意义。
对地方志的编纂和研究作出了重大贡献
万经、全祖望参与编修的《乾隆宁波府志》，章学诚的《乾隆和州志》、《永清志》、《亳州志》等均当时的名作。尤其是章学诚对方志学理论的构建。他认为，“方州之志，考定成编，可以领诸家之总，而务国史之要删”，方志不仅具有为撰修国史提供史料的功能，而且还有澄清史料真伪的作用。因此章学诚视“方志如古国史，本非地理专门”。将方志作为地理专著，是中国封建社会史学家的正统观点，从阮孝绪的《七录》到清代《四库全书总目》，都持此论。但章学诚将方志作为史学的一部分，这意味着方志具有史的性质。也正因此，他对地方志的史料采集、修纂方式和体例内容，都有系统的建议，对中国的方志学的发展作出了贡献，而他的方志学理论对现代方志的编纂具有典范的意义。