南明，是指崇祯十七年（1644年）五月至永历十六年（康熙元年、1662年）四月，在明朝中枢灭亡后，由尚存的明朝南方文武官员，拥立皇族宗室在南方、西南方所建立的数个明朝后续政权的统称，前后延续了十八年时间（不包括明郑延平政权）。
在南明存在的近二十年中，皇族宗室称帝者有四位，称监国者大致也有四五位。因为本文仅仅对“南明皇帝”和明朝最后一代正统皇帝“明思宗崇祯帝朱由检”之间的关系加以介绍、说明，所以有着“南明监国”头衔（或者自称、僭越者）的几位南明皇族，这里就不再叙述了。
那么接下来，就为大家详细解释，南明四位皇帝和崇祯帝之间的宗族血缘关系如何，以及其中谁的“伦序、世系”最近。
万历四十八年（1620年）七月，五十八岁的明神宗万历帝朱翊钧驾崩，皇太子朱常洛得以登基继位，即明光宗泰昌帝。不过一个月后，身体极度虚弱的泰昌帝也随即驾崩，时年三十九，大明在一个月内失去了两位皇帝。
明光宗一生，共有七位皇子，不过有五位都在他即位前就夭折了，分别是：
皇次子简怀王朱由；
皇三子齐思王朱由楫；
皇四子怀惠王朱由模；
皇六子湘怀王朱由栩；
皇七子惠昭王朱由橏。
也就是说，明光宗继位时，他只有皇长子朱由校、皇五子朱由检这两个儿子在世。
大明祖制——“父死子继、立嫡立长”；因此，明光宗驾崩后，皇长子朱由校由诸辅臣拥立，在万历四十八年（1620年）九月继位，即明熹宗天启帝。大明皇统在一个月间，由祖父传到了孙子手中。
明熹宗登基后，于天启二年（1622年）册封唯一在世的弟弟朱由检为信王，并将他留在皇宫中的勖勤宫内居住，以便就近照顾、时时见面。
明熹宗曾经有过三位皇子：
皇长子、怀冲太子朱慈燃；
皇次子、悼怀太子朱慈焴；
皇三子、献怀太子朱慈炅。
从三位皇子的追谥名号可以看出，明熹宗的这三个儿子，都是在幼年时便夭折了，年寿不永，因此明熹宗痛惜之下，才会用“悼、怀、献”来给皇子们作封号，以寄托哀思。
因为明熹宗皇子皆早夭，而其父明光宗的皇子中，除了自己之外，也仅仅只有第五子信王朱由检得以平安长大，所以明熹宗在接二连三失去皇子之后，便更加看重这个唯一在世的弟弟，于是将信王留在京师，当做大明潜在的皇储对待。
即使信王在天启六年（1626年）举行了大婚、按制将要外出就藩时，明熹宗在张皇后的强烈请求下，还是让信王暂时留在了京师，以“稳固国本、安定社稷”。明熹宗的意思是等自己再诞育皇子、大明国本稳固之后，再安排弟弟出外就藩。
天启七年（1627年）五月，因为迟迟没有再诞育皇嗣，国本未固，心绪低落烦躁的明熹宗在内臣的劝说下，准备去西苑乘船游玩，以舒缓焦虑的心情。但在乘船游玩时，明熹宗不慎落水，导致不洁净的湖水侵入肺腑，就此落下了病根，此后的身体状况每况愈下。
之后，病急乱投医的明熹宗未经辨别，就相信了朝臣所献的“灵露饮”（蒸米时的蒸汽），天天饮用以求治好病。但明熹宗饮用“灵露饮”后，病情依旧，身体却逐渐水肿、呼吸急促，最终导致病危。
天启七年（1627年）八月十二，明熹宗心中清楚自己恐怕是不能痊愈了，于是坚持着起身驾临乾清宫，召集诸臣觐见，并急召弟弟信王入宫。当着诸臣的面，明熹宗勉励信王说：“弟弟将来，一定要做尧舜一样的君主！”明确表示了将要把大统交给信王承袭。
年轻的信王朱由检面对着皇兄痛哭流涕、口不能成句，很久之后，才依依不舍地告别皇兄，离开皇宫。
天启七年（1627年）八月二十二，明熹宗朱由校终告不治，驾崩于皇宫乾清宫，年二十三。八月二十四，信王朱由检在兄长的灵柩前举行了即位大典，以明年为“崇祯元年”。朱由检即大明第十六代皇帝——明思宗崇祯帝；这一年，他还不满十八岁。
崇祯帝刚刚继位，就对深受明熹宗宠幸的魏忠贤阉党集团发动打击，短短三个间，就将把持朝政四年之久的魏氏集团一举铲除，皇权被紧紧控制在自己手中。不过，此后信心过头的崇祯帝听信东林党文官的一面之词，将朝政大权悉数交给了东林党为首的文官集团，又荒废了具有监督权的厂卫系统，大明朝堂因此失去了权力平衡点和制约手段，文官集团由此开始坐大、且没有了监督和制衡的对手。
东林文官集团在彻底掌握朝廷治权后（道统在皇帝本身），不断谋取私利、打击政敌、排挤非东林出身官员，大明的政局逐渐恶化腐败，中枢机构争权夺利、政令紊乱、效率愈发低下。崇祯帝本人因为太年轻、过于自信、偏激拗执、刚愎严苛，对文武诸臣极度不信任，因此执政思想朝令夕改、举措失当，致使大明朝政废弛、文恬武嬉、法令败坏，国家基础遭受极大的损害。
而同一时期，天灾也层出不穷、来势汹汹，普通民众的生活负担严重到了无法承受地步，自崇祯元年（1628年）开始，自陕北爆发的农民起义在随后十余年间几乎蔓延到全国，给大明王朝带来了毁灭性的打击。与此同时，兴起于辽东地区的后金政权也在羽翼丰满后，多次毁边墙入寇大明，劫掠破坏北直隶、山东各地，更是让大明的国势雪上加霜。
在这种内外交困的窘迫局面下，大明江山处处漏风、步步踉跄，从崇祯帝的手中无可奈何地滑向灭顶之灾。
崇祯十七年（1644年）三月，纵横北方及中原地区十多年的农民军首领李自成，在早就攻克并稳固了统治的陕西西安正式建立“大顺”王朝，并于原明秦王府中登基称帝，改元永昌。随后，大顺皇帝李自成发布了“讨明檄”，亲自率大军东进伐明，直驱京师而来。三月十五，大顺军队在攻克了大同、宣府、太原等地后，越过居庸关，抵达京师城下，将京师团团围住，随即攻城。
崇祯十七年（1644年）三月十九，京师内外城均告破，李自成在文武官员及军队的簇拥下，从德胜门进城，入皇宫。与此同时，无处可逃的崇祯帝，在绝望之中将三位皇子遣送到各自外家暂避、又将皇嫂、皇后、贵妃、公主等女眷获劝自尽，或亲自斩杀，以免落入敌手。然后，崇祯帝在最后随侍在身边的心腹太监王承恩陪伴下，登皇宫北门的万岁山，于寿皇殿外的歪脖子柳树下自缢身亡，大明中枢政权至此宣告覆灭，明朝在淮河以北、湖广以西的统治，也不复存在。
崇祯帝殉国后，他的三位皇子：皇太子朱慈烺、定王朱慈炯、永朱慈炤没有如同他所期望的那样能够脱离险地，而是被别有用心的人挟持，献给了刚刚入城的大顺皇帝李自成。李自成对三位皇子还算仁厚，并没有羞辱和加害他们，而是妥善照顾，并封朱慈烺为“宋王”，朱慈炯为“定安公”，朱慈炤为“永平公”。当然，三位皇子实际上还是被软禁看守，失去了自由。
虽然大明京师失陷于农民起义军，崇祯帝也自尽殉国了，但淮河、湖广以南的大部分南方区域，尤其是南直隶、江浙、闽粤等地，依旧控制在以留都南京为统治中心的明朝南方文武官员手中。国不可一日无君，留都南京的明朝勋臣及文臣集团决心尽快拥立尚存的大明宗室中有资格继位的成员（在农民起义的风暴中，大批明朝宗室成员被杀，其他幸存者，多逃亡南方避难），承袭崇祯帝遗下的皇位，以延续大明国祚，并对抗农民起义军和关外清朝军队或许可能（很有可能）的南下进攻。
当年太祖皇帝朱元璋建立大明之后，为了规范皇室子弟的行为准则，以及为后世子孙制定世系（皇位、王位）承袭制度的标准，所以专门编纂了一本《皇明祖训》，在其中详细地对将来后世子孙传承帝位大统的过程制定了“有嫡立嫡、无嫡立长、父死子继、兄终弟及、伦序为先者入继大统”的标准。
崇祯帝之前的三次帝位传承，分别是——明神宗万历帝朱翊钧传位给长子、明光宗泰昌帝朱常洛；明光宗泰昌帝朱常洛传位给长子、明熹宗天启帝朱由校；明熹宗天启帝朱由校传位给（唯一在世的）弟弟、明思宗崇祯帝朱由检（因为明熹宗皇子皆早夭，所以这里就用到了兄终弟及这一条《祖训》中的内容）。
而在崇祯帝自尽殉国、其仅存的三位皇子也全部失陷于北方乱局、无法作为崇祯帝的正统继承人前往南京承袭皇位后，大明皇室大宗、即明光宗泰昌帝的后裔，已经全部失去了承袭皇位的可能（或者驾崩、去世、夭折，或者陷入敌手、不能继位），因此，明朝南方诸臣只能依照太祖皇帝《皇明祖训》中的规定，再往上追溯一辈，从明光宗泰昌帝的兄弟、也即明神宗万历帝的其他儿子（后裔）中，去选择具有优先继承权的成员，迎往南京，入继大统。
明神宗万历帝朱翊钧一共有八个皇子：
皇长子（皇太子）朱常洛，即后来的大明第十四代皇帝——明光宗泰昌帝；母王恭妃。
皇次子邠哀王朱常溆，出生即夭折；母郑贵妃（一说常顺妃）。
皇三子福忠王朱常洵，后来因子登基继位，追封恭宗孝皇帝；母郑贵妃。
皇四子沅怀王朱常治，早夭；母郑贵妃。
皇五子瑞王朱常浩；母周端妃。
皇六子惠王朱常润；母李贵妃。
皇七子桂端王朱常瀛，后来因子登基继位，追封礼宗孝端皇帝；母李贵妃。
皇八子永思王朱常溥，早夭；母李顺妃。
从封号和谥号中可以看出，明神宗的皇次子邠哀王朱常溆、皇四子沅怀王朱常治、皇八子永思王朱常溥，都是幼年早夭（所以才用‘哀、怀、思’做谥号），且没有后代。因此，如今要从明神宗的皇子中挑选入承大统者，这三位皇子就不在考虑范围内。
除了皇长子明光宗泰昌帝之外，明神宗平安成年、得以正常封爵的皇子，是皇三子福王朱常洵、皇五子瑞王朱常浩、皇六子惠王朱常润、皇七子桂王朱常瀛。其中，崇祯帝自尽时，福王、桂王都明确记载有儿子在世（瑞王、惠王因为明末乱世的原因，并没有记载是否有儿子）。
依照“父死子继、兄终弟及、伦序为先者入继大统”的祖训，福王一系在伦序上优先于瑞王、惠王、桂王。不过祖训中规定的是“兄终弟及”，即平辈之间承袭皇统为优先选择，所以福王朱常洵本人不能入继崇祯帝之后的大统，而得由他的儿子们，即崇祯帝的堂兄弟来继承皇位（正如当年明世宗嘉靖帝入继堂兄明武宗正德帝之事一样）。
不过，福王朱常洵本人早在崇祯十四年（1641年）正月，就被农民起义军攻破了封国洛阳，随后被农民军处死，此时已经不在世了。而他的三个儿子中，只有长子、福世子朱由崧趁乱逃出洛阳，辗转避难于怀庆府，次子朱由渠死于乱军，第三子朱由桦史料中没有记载，但从后来的封王谥号“德怀王”来看，应该是很小时候就夭折了。
福世子朱由崧于崇祯十六年（1643年）五月被堂弟崇祯帝正式册封、继立为福王，老福王朱常洵则被追谥为“福忠王”。由于洛阳封国被农民军占据，因此福王朱由崧还是居住于河南怀庆府。
崇祯十七年（1644年）三月，京师失陷前后，怀庆府也被农民军进攻，福王畏惧农民军的兵锋，于是逃到更加靠近南京的淮安府暂居。三月二十九，在淮安避难的福王得到了崇祯帝殉国、大明中枢覆灭的噩耗，留都南京的文武官员当然也很快得知了这个让人惊慌失措的坏消息。
如前文所描述的那样，南京留守诸臣认为“国家不可一日无君”，既然皇帝已经自尽殉国，而诸皇子也失陷于敌手，那么根据《皇明祖训》的原则，在明光宗泰昌帝位下子孙均不能承袭皇位时，就得以明光宗诸弟后裔子孙中，伦序世系最接近明熹宗、崇祯帝（明思宗、不过这个时候他还没得到这个庙号）的那一位入继大统。
因为福王之父福忠王朱常洵是明神宗第三子、明光宗排行最长（指长大成人）的弟弟，因此，福王朱由崧就是伦序最近、行辈最先的帝系大统继承人。
之后，经过了一系列政治博弈、以及阳谋交通，福王和掌握南京实权的东林党人进行了激烈交锋，并做出了堪称其一生中最值得赞叹的选择——主动招揽了握有重兵的江北四镇武将，以及获取了文臣中不属于东林党的势力，最终得以于崇祯十七年（1644年）五月十五在南京正式即皇帝位，以明年为弘光元年，这就是南明历史的开端；朱由崧也即南明第一代皇帝——明安宗弘光帝。
弘光帝登基后，并没有表现出过人的才华和出众的治国能力，南明的国势也并没有得到稳固。弘光元年（1645年）四月，北方的清军在前一年击败了农民起义军、正式入关占据中原之后，又借着南明弘光政权的内讧，大举发兵南下，预备消灭南明，统一全国。
清军南下还不到一个月，就连续攻破了徐州、归德、颍州、泗州等南明军事重地，于四月二十五攻破扬州，守城的南明督师大学士史可法被俘后，不屈被杀。随后，清军不费吹灰之力渡过了长江，包围南京。五月初十，弘光帝在清军围城的关键时刻放弃了南京，只带着几十个随从、嫔妃逃奔芜湖。
南明弘光元年、清顺治二年（1645年）五月二十二，弘光帝在芜湖被清军擒获，保护弘光帝的南明靖国公黄得功力战不敌，又不愿投降清军，于是而自刎而死。至此，在位不过一年的弘光帝失去了皇位。当年九月，弘光帝被押至北京，安置在太仆寺内居住。
南明弘光元年、清顺治二年（1645年）六月，此时弘光帝已经被俘、监国潞王朱常淓（弘光帝堂叔、明神宗侄子）也在杭州投降清军，南明朝廷一时间没有了最高统治者。在危急的局面下，部分坚持抵抗的南明大臣——巡抚都御史张肯堂、礼部尚书黄道周、南安伯郑芝龙在浙江拥立大明宗室、前任唐王朱聿键就任监国。
当年闰六月，朱聿键在诸臣的拥戴下，抵达福州，并在当月二十七正式即皇帝位，改弘光元年为隆武元年，朱聿键就是南明第二代皇帝——明绍宗隆武帝。
大明皇室大宗，自明成祖（太宗）朱棣开始，一直都是在成祖的后代中传承，虽然有几次“兄终弟及”（明英宗明代宗兄弟、明武宗明世宗堂兄弟、明熹宗明思宗兄弟），但并没有脱离“成祖后裔”这个范畴；即使是弘光帝，也是成祖的直系后裔、明神宗的皇孙、崇祯帝的堂兄。
弘光帝和身为明神宗侄子的潞王被清军俘获后，明神宗直系后裔中，还暂时得以保持人生安全的，就只有明神宗第七子桂王朱常瀛及其诸子（明神宗第五子瑞王朱常浩已经在崇祯十七年（1644年）六月被农民军击杀于重庆府，第六子惠王朱常润则步潞王后尘，在弘光元年（1645年）六月于绍兴向清军投降，后被押往京师软禁）。但桂王一家目前避居于广西梧州，距离江浙太远，要是迎桂王一系前来浙江、福建继位，一是时间太久，二来途中不保证不会发生意外。
因此，虽然是宗室远支，但人恰恰在浙江当地，且心性顽强、经历不凡、胸怀大志的前唐王朱聿键，就成了坚持抵抗的南明官员们的第一选择，以“事急从权”为由，不再引用《皇明祖训》中“伦序优先者当立”的原则，被拥立为帝，承袭了弘光帝所留下的大统。
隆武帝是明太祖的九世孙、太祖第二十三子唐定王朱桱的八世孙，不要说和明神宗一系关系疏远，就是再往上追溯七代，他也不是明成祖的直系子孙。因此，隆武帝是实实在在的宗室疏支，和崇祯帝之间的关系极远，已经出了五服、还要再隔三代。
隆武帝的世系往上追溯，是：明太祖朱元璋——唐定王朱桱——唐宪王朱琼炟（承袭兄唐靖王朱琼烃）——唐庄王朱芝址——唐成王朱弥鍗——追封唐恭王朱弥钳——唐敬王朱宇温——唐顺王朱宙栐——唐端王朱硕熿——追封唐裕王朱器墭；朱器墭，就是隆武帝之父。
按这样的世系，和明成祖以下的帝系大宗对比，可以知道，隆武帝朱聿键和明神宗万历帝朱翊钧同辈，是明光宗的族叔、是明熹宗和崇祯帝的族叔祖。不过，他们之间的血缘关系已经非常淡薄，假如不是生在宗室的话，如同民间普通百姓的宗族范例，隆武帝朱聿键和崇祯帝朱由检之间，早就没有任何亲缘关系了。
隆武帝朱聿键于万历三十年（1602年）出生于南阳唐王府，祖父是唐王朱硕熿、父亲是唐世子朱器墭。虽然是宗室贵胄，但隆武帝幼年时，因为祖父唐王不喜欢父亲这个世子，因此唐王在万历四十一年（1613年）借口世子忤逆不孝，将世子关押到王府承奉司中，未来的隆武帝朱聿键当年才十二岁，也和父亲一起被关押，此后被关了十六年。
崇祯二年（1629年），唐王患病后病得很重，他的两个小儿子福山王朱器塽、安阳王朱器埈嫉妒大哥朱器墭将来可以承袭唐藩，于是在这一年下毒毒死了大哥，以达到取代兄长、继承唐藩的险恶目的。唐王对此事不管不顾，甚至想要改立世子。
幸好南阳当地官员主持正义，出面警告唐王，这才使得唐王打消了改立世子的主意，立长孙朱聿键为“唐世孙”。
崇祯二年十二月（阳历是1630年1月），唐王朱硕熿薨逝，谥号“端”，称唐端王。唐世孙朱聿键在三年守孝期满后，于崇祯五年（1632年）继任唐王。
此后，唐王在崇祯九年（1636年）八月、清军入关伐明的时候，主动上疏请求领兵勤王，被崇祯帝拒绝后又擅自在南阳招募军士，私自北上勤王。崇祯帝得知后大怒（明制：藩王不得掌兵事、不得无故出藩国），在崇祯九年（1636年）十一月下诏废唐王为庶人，发往凤阳高墙关押，唐藩改由其弟朱聿鏼继承。
崇祯十六年（1643年），南阳遭到农民起义军进攻，唐王朱聿鏼被杀，朱聿键另外两个弟弟朱聿鐭、朱聿锷则乘乱逃出，辗转流落到南直隶。
崇祯十七年（1644年）五月，弘光帝继位后，废唐王朱聿键被释放出狱，弘光帝复封朱聿键为南阳王，于广西平乐府（桂林之南）居住。不过当时朱聿键既病且贫，处境艰难，所以不能立即前往广西。
南明弘光元年、清顺治二年（1645年）六月，清军南下破南京，弘光帝在仓惶出逃中被俘，潞王朱常淓也随后在杭州投降，南明朝廷无主。当时，还能够保证人身安全、并具有继位优先权的明世宗嘉靖帝位下的大明宗室，仅仅只有明神宗第七子桂王朱常瀛以及他的两个儿子，但桂王远在广西，不能立即前来浙江、福建承袭皇位。
所以，南明部分大臣经过一番仔细衡量后，拥戴人在浙江、且为人果决干练的宗室远支、前唐王、现任南阳王朱聿键为监国，然后兼程南下，于闰六月二十七在福州继位，改弘光元年七月以后为隆武元年，这就是隆武帝得以继位的经过。
隆武帝是南明诸帝中，最有恢复意志、也最有中兴希望的皇帝，无论才干、品性、素质，隆武帝都要强于其他南明皇帝，甚至强于崇祯帝。但隆武政权建立后，实权皆由郑芝龙为首的郑氏集团手所掌握，隆武帝本人无兵无权、形同傀儡。因此，隆武政权也没能逃脱弘光政权的覆辙，最终还是在内讧中覆灭。
南明隆武二年、清顺治三年（1646年）初，占据江宁（南京）、杭州的清军出兵南侵，迫使监国鲁王（明太祖第十子鲁荒王朱檀后裔）放弃大本营绍兴，退避舟山群岛。然后，清军分兵攻取江西，截断了福建和湖广、江西等地的联系。
危急时刻下，隆武帝决心趁机摆脱郑氏集团的控制，逃离福建，至湖广再图恢复，于是不顾郑芝龙劝阻、以“亲征”的名义离开福州，前往延平（福建南平），准备绕道江西前往湖广。
郑芝龙见隆武帝即将脱离自己的控制，于是气恼之下和清军接触，准备降清，并密令驻守福建北部的郑氏军队放弃防守关隘，撤回老巢安平（晋江安海镇）。因此，清军得以轻松越过仙霞关、分水关等战略要地，直逼福州。
南明隆武二年、清顺治三年（1646年）八月二十一，隆武帝在延平被清军追击而至，急忙向汀州（福建长汀）逃奔。八月二十八，隆武帝抵达汀州，正在城外关帝庙休息，清军已经追至，在护卫将军周之藩等人的奋力掩护下，隆武帝才带着家眷勉强逃脱，躲入汀州避难。
但隆武帝前脚刚入汀州城、清军在消灭了阻击的明军护卫之后，后脚就追击而来，直入汀州城，在府衙中追上隆武帝。混战中，隆武帝与皇后曾氏、皇太子朱琳源三人全部被清军杀害（另有说法是隆武帝被俘后绝食而死）；南明的皇统，又一次断绝。
隆武帝遇害两个月后，南明隆武二年、清顺治三年（1646年）十月，在广东的南明两广总督丁魁楚、广西巡抚瞿式耜、广西巡按王化澄、吏部左侍郎吕大器等文臣拥戴明神宗万历帝此时唯一在世的孙子、明神宗第七子桂端王朱常瀛（已经去世）第四子、现任桂王朱由榔就任监国，以承袭大明皇统。
但桂王刚刚就任监国，还来不及正式登基，当年十月十六，清军绕道江西进攻两广，重镇赣州失陷，身在肇庆府的桂王惊慌失措、生怕重蹈隆武帝汀州遇害的覆辙，于是在清军还没到广东之时，就早早弃守肇庆，逃往旧居住地广西梧州府躲避。
桂王逃往广西之后，在广州避难的隆武帝之弟、嗣唐王朱聿鐭，被留守广东的南明大学士苏观生、大学士何吾驺、广东布政使顾元镜、吏部侍郎王应华、兵部曾道唯等人以“承袭隆武之后”的名义，也拥立为监国，这样，南明就有了两位监国（其实是三位，在舟山的鲁王一直没有去除监国名号。）
南明隆武二年、清顺治三年（1646年）十一月初五，朱聿鐭按“兄终弟及”的祖训原则，自称继承隆武帝所遗下的皇位，抢在桂王之前，于广州提前登基称帝，以明年为绍武元年，这就是南明第三代皇帝——绍武帝。
而得到绍武帝已经登基称帝的消息后，监国桂王朱由榔也在十一月十二从梧州返回肇庆，并于十一月十八也宣布登基称帝，改明年为永历元年。朱由榔是南明第四代、也是最后一代皇帝——明昭宗永历帝。
永历帝自认为自己是神宗皇帝唯在世的一孙子，世系伦序比“疏宗”的绍武帝要高得多，因此登基后便立即派出使者前往广州，通知绍武帝即刻退位归藩。绍武帝也自认为是隆武帝亲弟、继承的是隆武帝的皇统，又不是承袭明神宗一脉的皇位，自然也不肯就范归藩。于是，在清军大敌来临之际，南明两个对立的政权之间，又因为皇统的归属，而开始了新一轮的内讧。
十一月二十九，永历政权与绍武政权兵戎相见，在广东三水以西展开激战，绍武政权军队大破永历政权军队，几乎全歼了敌军。得到获胜消息后，绍武帝及绍武政权首辅苏观生等人喜不自禁，于是在广州全城张灯结彩、庆贺胜利，标榜自身政权的合法性和正统性。
但在绍武、永历政权展开内讧、打得不亦乐乎之时，清军已经在佟养甲、李成栋等人的率领下，先后攻占了广州外围门户潮州、惠州，并用收降的当地官员印信伪造文书，递交广州绍武政权，以麻痹绍武君臣。同时清军马不停蹄，已经悄悄杀到广州城外。
南明隆武二年、清顺治三年十二月十五（1646年1月），佟养甲、李成栋率部抵达广州近郊，趁着城中不备，佟养甲先派三百人乔装打扮、混入广州城，然后在闹市中突然脱去外衣，露出内穿的清军服饰，大喊“清军已到！”随即四散击杀城中军民，城外的清军也趁机夺取了东门，杀入城中。
当时绍武帝和苏观生等大臣正在武学中视察，广州城中大部分武官也随扈一同视察，因此清军攻入广州后，城防明军无人主持反击，局势顿时大乱。另外绍武政权军队主力都在三水前线与永历政权作战中，也无法回师救援，在莫名其妙地状态下，广州失陷于清军。
广州陷落之后，绍武政权首辅苏观生来不及逃脱，于是自缢殉国，绍武帝想趁乱逃出城外，但是被清军抓获，囚禁于广州府衙中。佟养甲、李成栋没有侮辱杀害绍武帝，还送食物饮水给他，准备把他送往京师。
绍武帝在这个时候倒是很有骨气，说：“我要是喝你们一勺水，有什么颜面到地下去见祖宗！”当晚，趁着守卫不备的间隙，绍武帝在房中用衣带自缢而死，为国殉节。从就任监国到被俘自尽，绍武帝在位四十四天。
绍武帝殉国、绍武政权覆灭后，永历帝在名义上成为了南明残余势力的共主，三水前线的绍武军队也全部归顺永历政权。但清军很快越过广州，向肇庆攻击而来，永历政权连绍武政权都打不过，怎么能抗击虎狼一般的清军。十二月二十六，得知清军已向肇庆攻来后，永历帝再次放弃肇庆，又一次逃往广西梧州府，后来又躲到桂林府。
南明永历元年、清顺治四年（1646年）正月，永历帝从桂林逃往全州，后经靖州抵达湖广武冈府，暂时驻跸于此，改武冈府为奉天府，作为行在。在武冈时，永历帝几乎被武冈守将刘承胤暗中出卖给清军，险些被擒，在亲信武将的护卫下，永历帝才得以逃脱、直奔柳州。危难之际，大顺农民军余部主动与永历政权取得了联系，归附南明，十二月，永历帝在大顺农民军的护卫下，从柳州返回了桂林。
从南明永历二年、清顺治五年（1648年）开始，清朝内部因为争夺权力而导致内讧（和南明情况差不多），清江西提督金声桓、广东提督李成栋、广西巡抚耿献忠、大同总兵姜镶等前明降将纷后宣布“反正”，重归南明永历政权阵营。永历帝名义上的统治范围扩大到云贵、两广、湖南、江西、四川、山陕、甘肃等地。
但南明一直以来存在的内讧传统从未消失，永历政权官员鄙视、猜忌归附的大顺农民军，和反正的金声桓、李成栋等部，内部矛盾依旧严重、不能团结一致，抵抗清军。至南明永历四年、清顺治七年（1650年）正月，金声桓、李成栋、耿献忠、姜镶先后败亡，大顺农民军也脱离永历政权，独自在荆楚西部建立抗清根据地，永历政权的重要势力范围广西也被清军攻克，南明政权的疆域大大萎缩，退到云贵、四川南部一带，永历帝此时已经逃到距离安南不到三百里濑湍（广西崇左），即将逃亡国外。
幸好天无绝人之路，南明永历五年、清顺治八年（1651年），大西军农民军余部也加入了南明政权，协助永历帝抗清，首领孙可望将永历帝从广西接到贵州，安置在安龙府（贵州安龙县）（实际是软禁）。在安龙，永历帝过了三年多虽不自由、但相对安稳平静的生活。
南明永历七年、清顺治十年（1653年），大西军李定国部对清军发动反击，先后取得桂林、衡阳大捷，清定南王孔有德、敬谨亲王尼堪先后被李定国击毙，南明收复了湖南、广西、江西、川南等地，清廷朝野震动，慑于李定国威名，几乎要割云贵湘赣粤桂闽七省和南明议和，永历政权的形势一度恢复大好局面。
但是，南明的内讧传统又又又一次展现，南明永历八年、清顺治十一年（1654年），永历政权的实际控制者孙可望野心膨胀、想要自立为帝，因此和坚持拥立永历帝的李定国产生矛盾，孙可望欲暗杀李定国，独揽大权，李定国则在永历帝血诏的恳求下，准备进军贵州，救出皇帝。
南明永历九年、清顺治十二年（1655年），李定国出兵安龙府，从孙可望的势力范围中解救出永历帝，辗转护送到云南昆明府。孙可望大怒，于南明永历十一年、清顺治十四年（1657年）八月发兵攻打李定国，两军会战于曲靖交水河畔，孙可望部军队不愿意和李定国对抗，因此纷纷阵前倒戈，孙可望狼狈地率数十亲信逃走。
之后，孙可望在贵州穷途末路，只得向清军投降，清朝封孙可望为义王，孙可望则将他所知道的永历政权内部情况和军事部署全部告知清朝，使清军为接下来的出兵云贵、彻底消灭永历政权做好了充足的战前准备。
南明永历十二年、清顺治十五年（1658年）四月，清军发起对南明永历政权最后的进攻，兵分三路，从湖广、四川、广西合围云贵。在清军的猛烈进攻下，遵义、贵阳、独山先后失守，贵州全境失陷。南明永历十二年、清顺治十五年（1658年）十二月十三，抵抗清军受挫的李定国从贵州退回滇都（昆明）。
十二月十五，在李定国的保护下，永历帝率大部分永历朝臣、内宫眷属、侍卫离开滇都，向滇西撤退。流亡朝廷先逃到永昌府（云南保山），又退至腾越（云南腾冲）。永历政权撤离后，清军于南明永历十三年、清顺治十六年（1659年）正月初三进入昆明。
南明永历十三年、清顺治十六年（1659年）二月，李定国在永昌（云南保山）发动了磨盘山战役，重创追击的清军，但自身也损失惨重，无力继续保护永历帝君臣。在腾越的永历帝胆战心惊、不敢再留在国内，于是放弃腾越，逃到了缅甸境内。
至此，南明永历政权失去了在国内的所有立足点，实际上灭亡。李定国率部坚持在边境一带作战，抗击清军，之后又数次出兵入缅，想接回永历帝，但都不能成功。
南明永历十五年、清顺治十八年（1661年）三月，缅王莽白发动咒水之难，将永历帝身边随侍的官员、护卫、侍从全部杀死，软禁了永历帝及其家眷。十二月，在清军扬言要入缅武力索取永历帝的情况下，莽白迫于压力，将永历帝以及全部南明皇室成员交给了清军。
南明永历十六年、清康熙元年（1661年）三月十三，永历帝在清军的押送下回到昆明，一个月后，四月十五，清军将永历帝与皇太子朱慈煊杀害于篦子坡，最后的南明皇统就此断绝，永历帝遇害时，年四十岁。当年六月，坚持抗清的李定国在驻军地景线（一说勐腊）得知永历帝遇害后，悲愤忧虑不已，于六月二十七病逝；之前的五月初一，明郑延平政权首领延平王郑成功也因为皇帝的遇害、以及郑氏家族的内讧而数痛攻心，不幸病逝。
永历帝遇害七个月后，当年十一月，继任延平王郑经追谥永历帝为“为应天推道敏毅恭俭经文纬武礼仁克孝匡皇帝”，上庙号“昭宗”。
南明四代皇帝中，弘光帝朱由崧、永历帝朱由榔都是崇祯帝的堂兄弟，弘光帝是堂兄，比崇祯帝大三岁；永历帝是堂弟，比崇祯帝小十二岁，他们都是明神宗万历帝朱翊钧的皇孙（崇祯帝是明神宗皇长子泰昌帝朱常洛第五子，弘光帝是明神宗第三子福忠王朱常洵长子，永历帝是明神宗第七子桂端王朱常瀛第四子）。
另外两位南明皇帝：隆武帝朱聿键、绍武帝朱聿鐭，他们是亲兄弟俩，都是明朝宗室中的远支成员，和崇祯帝的血缘关系极为疏远。崇祯帝是明太祖朱元璋的第十一世孙、太祖第四子成祖朱棣的十世孙；而隆武帝、绍武帝则是明太祖朱元璋的九世孙、太祖第二十三子唐定王朱桱的八世孙。
从辈分上看，隆武帝、绍武帝兄弟和明神宗万历帝同辈，是崇祯帝、弘光帝、永历帝的族叔祖。崇祯帝和隆武帝、绍武帝之间的血缘关系，要上溯到明太祖那里，才是出自同一血脉的传承。
因此，南明四位皇帝中，弘光帝、永历帝和崇祯帝的血缘关系最近，而隆武帝、绍武帝和崇祯帝之间血缘关系已经非常疏远，按照民间习惯，是“出了五服”后“再出三服”，从宗法上来说，和陌生人也没多大区别了。
而弘光帝、永历帝两人之间、再论和崇祯帝的关系远近的话，弘光帝之父福忠王是明神宗第三子，永历帝之父桂端王是明神宗第七子，按照“伦序世系”的标准，弘光帝相比永历帝，和崇祯帝的行辈关系还要更近，这也是他在崇祯帝自尽殉国后，即使和东林文臣们有着超过四十年的公私龃龉、过节，但一样凭着和崇祯帝最亲近的血缘、伦序关系，被拥立为南明第一代皇帝的原因。
综上所述，按照亲疏远近、伦序排行的原则，南明四位皇帝和崇祯帝的血缘关系，由近到远排列的话，是——明安宗弘光帝朱由崧、明昭宗永历帝朱朱由榔、明绍宗隆武帝朱聿键、绍武帝朱聿鐭（无庙号）。