崇祯年间的明朝堪称内外交困，对外与后金征战不断，势力已经延伸到蒙古的后金甚至多次叩关而入;对内则是农民起义不断，尤以李自成、张献忠为最。而崇祯年间的战争，主要便是围绕后金和农民军展开的。
皇太极继位之后，后金便开始向蒙古扩张，并最终于崇祯五年(1632年)攻陷归化城，林丹汗被迫逃至大草滩，其子额哲于崇祯八年(1632年)降清，漠南至此落入清军手中，皇太极开始从东北到正北对明朝边关形成全面威胁。
1、清军第一次入关(己巳之变)。崇祯二年(1629年)十月，皇太极率军号称10万，避开宁远、锦州，兵分三路分别从龙井关、洪山口、大安口突入关内，攻占遵化，直逼京师。明廷慌忙之下急令各路兵马勤王，袁崇焕统领各路援军，阻后金军于广渠、德胜等门外。后因袁崇焕被捕，祖大寿还师宁远，皇太极趁机夜袭卢沟桥，斩明军副总兵申甫以下约7000人，继而击败明援军4万于永定门外，明总兵满桂，孙祖寿战死。崇祯三年(1630年)初，皇太极向东进攻，连克数城，分兵驻守遵化、滦州、永平、迁安，自己则亲率主力返回沈阳。
2、清军二度入关。崇祯七年(1634年)七月，皇太极二次西征察哈尔回师途中，以明边将扰其境、杀其民、匿逃人为名，入上方堡，进围宣府。宣府守兵发炮击之，乃退走应州，兵掠大同，攻陷得胜堡。京师震动，诏令总兵陈洪范守居庸，巡抚丁魁楚等守紫荆，雁门，而在河南已经包围了高迎祥、李自成、张献忠等人的曹文诏也被调往大同，农民军趁机突围。
3、清军三度入关。崇祯八年(1635年)，多尔衮、萨哈璘、豪格等率领清军进犯林丹汗所在的河套地区，迫使林丹汗之子额哲降清，同时在太原府所属的忻州、定襄、五台等州大肆劫掠。
4、清军四度入关(丙子虏变)。崇祯九年(1636年)五月，皇太极派多罗武英郡王阿济格等统八旗兵十万，兵分三路分别从吸风口、独石口入关，巡关御史王肇坤拒战，兵败而死，明军退保昌平，清兵再侵居庸、昌平北路。大同总兵王朴驰援，击斩一千一百零四人，俘获一百四十三人。七月，清兵入京畿，攻陷昌平后，又相继攻下良乡、围攻顺义、。明顺义知县上官荩与游击治国器，都指挥苏时雨等拒城守，城池陷落后，三人均殉国。清军乘势，又攻下宝坻(今属天津)、定兴、安肃(今河北徐水)、大城、雄县、安州丙子胡乱等近畿州县。
5、清军五度入关(戊寅虏变)。崇祯十一年(1638年)，清军以多尔衮、岳托为主将，绕道蒙古，从密云东面的墙子岭、喜峰口东面的青山口，突破长城要塞，沿着运河往南直到济南，俘获了人畜46万。明廷急调辽东前锋总兵祖大寿入援。卢象升拼死奋战，弹尽粮绝，最后阵亡，史称“戊寅虏变”。时高起潜拥关、宁重兵近在五十里外的鸡泽，却不赴援，听闻卢象升兵败身死后，竟率军东逃二十里，遇敌伏军大溃，仅只身逃逸。自请督察军情的枢辅刘宇亮至保定听闻前线战败，也仓皇退入晋州，而清军即乘胜长驱直入，分陷昌平、宝坻、平谷等地，京师震动。二十日，崇祯帝下诏徵总督洪承畴率军入卫，陕西巡抚孙传庭为兵部郎督侍援军同行。
6、松锦之战。崇祯十三年(1640年)，皇太极为打通关宁锦防线，此战皇太极汲取了过去强攻的教训，采取围点打援的策略，将锦州城围的水泄不通，祖大寿连忙向朝廷告急，朝廷令洪承畴率领步骑十八万救援锦州，大军会兵于宁远，解锦州之围。然而，由于朝廷盲目催战、监军胡乱插手、战略指挥失误、将官畏死怯战等原因，明军最终溃败。松山城最终于崇祯十五年(1642年)二月十八日陷落，而锦州也于三月八日被攻占，此役总兵兵邱民仰、王廷臣、曹变蛟被杀，洪承畴、祖大乐兵败被俘，副将吕品奇率部不战而降。
7、清军六度入关。崇祯十五年(1642年)四月，清军以阿巴泰为奉命大将军，从黄崖关出击，进入蓟州，总兵白广恩领兵拒敌，阵斩清军三等轻车都尉斋萨穆、参领五达纳、佐领绰克托、额贝、护军校浑达禅、骑都尉额尔济赫，广恩败走。清军长驱南下，至山东兖州，杀鲁王朱以派及乐陵、阳信、东原、安丘、滋阳诸郡王、官吏等数千人，先后攻克三府、十八州、六十七县，获黄金二千二百五十两、白金二百二十万五千二百七十两，俘人民三十六万九千口及牛马衣服等物。
从以上战绩不难看出，虽然山海关尚未丢失，但清朝由于已经占领漠南，随时可以绕道蒙古入关，明廷已是防不胜防。
在崇祯十七年(1644年)之前，明军面对农民起义军还是占有一定优势的，甚至多次将起义军逼入死境，然而由于清军的连续入关，却始终无法彻底扑灭起义。再加上百姓生活困苦，农民军总是能够死灰复燃。崇祯年间，朝廷与农民军的战斗几乎从未停止，主要战役有以下几次：
1、曹文诏围剿义军。自农民起义爆发以来，起初三边总督杨鹤采用“剿抚兼施、以抚为主”的战略进行平叛，但由于朝廷无法养活饥民，因而义军始终无法扑灭。崇祯四年(1631年)十月，朝廷任命洪承畴接任任三边总督，开始真正对义军展开围剿。同年，曹文诏率领千余关宁军击败山西境内的农民军，高迎祥、李自成、张献忠等均逃到河南之后被曹文诏、左良玉等多路明军包围。崇祯七年(1634年)，由于清军二度入关，曹文诏被调往大同抗金，农民军得以突围。
2、桐城之战。明崇祯八年(1635年)正月，张献忠农民起义军数万人克凤阳，过庐州，兵锋直逼桐城。二十七日，桐城守军潘可大部与起义军在县城东郊交战，官军败溃，伤亡100余人，余部逃入城内。县城防守严密，城墙上密布火毬、大炮和弓箭。二十八日清晨，起义军用绳索将众多肉案连在一起，上面覆盖湿棉絮，以防火炮和箭击。他们将这些掩体推至城墙之下，自东祚门环列至向阳门，然后藉此掩护以大斧砸斫城墙，并把这种攻城术戏称为“木牛凿城”。城上守军向义军阵地推放石磙，义军伤亡惨重，便改为火攻。在烟火的掩护下，上百名义军攀登云梯，强行登城，终因守城官军拼死强守，攻城失败。
3、孙传庭俘获高迎祥。崇祯九年(1636年)一月，高迎祥，李自成攻庐州，取含山、和州，杀知州黎宏业、在籍御史马如蛟等。进而围困滁州，与卢象升、祖宽、罗岱、杨世恩等部激战于朱龙桥。高迎祥等北攻寿州不克，西入归德。二月，攻密县、破登州，击杀明将汤九州，进军邓州、郧阳。三月，高迎祥与李自成分兵，由郧襄入兴安、汉中与张献忠会师。五月，高迎祥进入湖广，并于七月出南山，挥师直驱西安，行军至黑水峪时遭遇陕西巡抚孙传庭伏击，高迎祥兵败被俘，押至北京后被凌迟处死，义军则推举李自成为“闯王”。
4、杨嗣昌将李自成逼入绝境。李自成接任“闯王”之后，续征战四川、甘肃、陕西一带。崇祯十年(1637年)，杨嗣昌调集10万重兵，增饷280万，提出“四正六隅，十面张网”策略，限制农民军流动范围，采取各个击破、最后围歼的策略，最终成功迫使张献忠降明，而李自成也在渭南潼关遭遇洪承畴、孙传庭的伏击，李自成被击溃后只得带着仅余的17人躲到陕西东南的商洛山中。次年八月，清军四度入关，卢象升在河北战死，孙传庭、洪承畴被调往辽东防范清军，李自成这才得以喘息，甚至还在此期间娶妻生子。
5、李自成进军中原之战。崇祯十二年(1639年)，张献忠在谷城再度反明，李自成则从商洛山中率数千人马杀出。崇祯十三年(1640年)，李自成趁明军主力在四川追剿张献忠之际入河南，收留饥民，开仓而赈饥民。“远近饥民荷锄而往，应之者如流水，日夜不绝，一呼百万，而其势燎原不可扑”。自此，李自成军队发展到数万，提出“均田免赋”口号，即民歌之“迎闯王，不纳粮”。
6、李自成三攻开封。崇祯十四年(1640年)正月二十日，李自成攻克洛阳，杀万历皇帝的儿子福王朱常洵，从后园弄出几头鹿，与福王的肉一起共煮，名为“福禄宴”，与将士们共享。同时，李自成没收福王府中金银财货和大批粮食、物资，发布告示大赈饥民。之后，在一年半之内，三围省城开封未果，最后一次崇祯十五年(1642年)黄河决堤冲毁开封。先后杀死陕西总督傅宗龙、汪乔年。
7、张献忠破襄阳。明崇祯十四年(1641年)二月，在杨嗣昌围剿下逃至四川的张献忠，发现杨嗣昌尾随而来、襄阳空虚，于是摆脱明军，突然带兵离开四川，往东转移，一天一夜急行三四百里，把杨嗣昌大军远远甩在后边。杨嗣昌得到消息后，连忙派使者赶往襄阳传令，然而使者半路却被义军抓获，之后张献忠让李定国扮作使者，带了几名“随从”和令牌、文书，混进襄阳之后四处放火，并趁乱打开城门，襄阳逐被张献忠攻破。
8、李自成攻洛阳。崇祯十六年(1643年)正月，李自成攻下承天，被举为“奉天倡义文武大元帅”。三月，李自成改襄阳为襄京，称“新顺王”，并加强对义军的掌控，先后杀死罗汝才、贺一龙、袁时中等人。五月，张献忠克武昌建立“大西”政权。八月，督师孙传庭拥兵10万出关。李自成闻讯，即率主力北上，九月，两军对垒于郏[jiá]县。时值大雨滂沱，明军粮运不继。李自成一面动员百姓坚壁清野，使明军无法就地筹粮;一面派大将刘宗敏率万余轻骑出汝州，截断明军粮道。孙传庭闻讯大惊，不得已回师欲打通粮道。李自成率师追击400里，大败明军，斩首四万余级。李自成乘胜挥师西进。十月，李自成攻破潼关，杀死孙传庭，占领陕西全省。
9、李自成破北京。崇祯十七年(1644年)一月，李自成在西安称帝，建国号“大顺”，同时开始向东用兵。而陕西、山西、河北三省由于遭受大规模的瘟疫袭击(从崇祯六年开始)，防御已是极度空虚，再加上官军怯战，总兵姜瓖、王承胤、唐通等不战而降，虽有周遇吉等人力战却也无能为力，因而“闯军”一路势如破竹，于三月十七日便抵达了北京城外，三月十九日兵部尚书张缙彦主动打开正阳门，迎接闯军入城，北京城逐告破。
综上所述，崇祯年间的明朝战事可谓接连不断，两线作战的明军顾此失彼，最终被李自成攻破京城，崇祯帝自缢煤山。