此后,两军开始对峙,谁也不轻易发动进攻。不久,陈友谅的两员大将又投降了朱元璋,内部不稳,力量更加削弱。陈友谅又气又恼,下令把战争中抓来的俘虏统统杀掉。朱元璋闻讯,却反其道而行之,将俘虏全部送还,受伤的还给敷上好药,从而大得人心。陈友谅军内部分崩离析。
两军对峙这一月之久,陈友谅舰队被困湖中,军粮殆尽,计穷力竭,危在旦夕。陈友谅妄图孤注一掷,从湖口突围,转入长江,再奔武汉大本营。
朱元璋早已严阵以待,陈友谅左冲右突打不开生路。朱元璋唯恐陈友谅逃走,亲自指挥追击。陈友谅边退边向朱元璋指挥船密集射箭,有一箭射中朱元璋的座椅,朱元璋下意识地惊叫一声。陈友谅以为射中了朱元璋,将头伸出船舱张望,被朱元璋部将郭英一箭射死。当朱元璋听到陈友谅中箭身亡时,高兴地说:“呆头鹅已死,天下安定矣!”
1364年2月,朱元璋攻下武昌,陈友谅的儿子陈理投降,朱元璋的势力终于控制了原陈友谅的所属地区。