后面事态的发展也正如他所料。雍正即位后，便命隆科多与怡亲王胤祥等四人为总理事务大臣。随后，雍正又将其父佟国维在康熙朝获罪被革的公爵还给了隆科多，并亲自下令称隆科多应称“舅舅”，以后的政府公文中，凡遇到“隆科多”三字，前面都要加“舅舅”二字，这种做法实在是前无古人，后无来者。
    隆科多在兼任步军统领的同时，雍正后又命他作吏部尚书并兼管理藩院。应隆科多的请求，雍正又任命他为《清圣祖实录》和《大清会典》的总裁官。后来，雍正还曾赐隆科多双眼孔雀花翎、四团龙补服、黄带、鞍马紫辔等，可谓荣耀之至了。不仅如此，雍正公然的恭维说：“舅舅隆科多这人，朕先前未能深知他，真正大错了。此人真圣祖皇考之忠臣，朕之功臣，国家之良臣，真正当代第一超群拔类之稀世大臣也！”
    对此，隆科多似乎并不以为然，他知道雍正不可能一直信任自己。虽然隆科多也贪得无厌，他在吏部的时候，照样纳贿卖官，时称“佟选”（和年羹尧的“年选”相对应）。但是，隆科多老奸巨猾，给自己留了一手。他怕雍正抄家，便早早的把家里的财产给转移到自己的亲友家里。雍正二年（1724年），隆科多又主动提出辞去步军统领的职务，似乎懂得自我谦抑的道理。
    但有时候做人太聪明了也不好。雍正显然知道隆科多的用意。假如雍正当上皇帝真的是不明不白，那他对那些有功之人和知情人在开始的时候一定会采取安抚政策，兑现各种赏赐以封住他们的口，等到雍正地位稳固后，必然要置这些人于死地而后快。这很容易理解，皇帝也怕被要挟，他们的担忧和恐惧甚于常人。想必雍正心里也清楚，“世界上只有一种人可以保守秘密，这便是死人”。既然隆科多主动请辞步军统领一职，那大家就干脆撕开面纱罢！

    年羹尧被打击的时候，隆科多也同时挨整，只是结案在后。雍正三年（1725年）五月，雍正便发动群臣谴责隆科多；当年六月，年羹尧的儿子和隆科多的儿子同时被惩。雍正四年（1726年）正月，隆科多被派往蒙古和俄国谈判疆界问题。本来隆科多在谈判中表现强硬，但后来却发生了“玉牒”之案，导致隆科多被召回，替换他的策凌在随后的谈判中做了很大让步，在后来的《布连斯奇条约》和《恰克图条约》中将贝加尔湖一带和唐努乌梁海以北地区，这些原属于当时大清帝国的领土（本是蒙古人游牧的地区），划入了俄国的版图。这不得不说是雍正的失策。

    所谓“玉牒”案，是指隆科多私藏了记载皇家宗谱的玉牒，这玩意非常之神圣，“除宗人府衙门，外人不得私看，虽有公事应看者，应具奏前往，敬捧阅看”。由此，雍正以“大不敬”之罪开始整肃隆科多。雍正四年（1726年）十月，隆科多被定41项大罪。雍正说，隆科多本应处斩，看在他是先帝驾崩时惟一承旨人的份上，姑且饶他不死，就将他圈禁在畅春园的附近，让他在先帝的院外闭门思过罢！
    雍正六年（1728年）六月，隆科多死于禁所，雍正给他发放了丧葬费，待遇比年羹尧要强许多。如此看来，雍正似有隐情。如有隐情，隆科多则必为知情人。
    所以说，隆科多的死，其实是因为他自己说不清。他说不清自己在雍正即位的过程中到底发挥了什么作用。如果说是决定性作用的话，那就更加死定了----没有那个皇帝愿意承认自己的皇位是靠某个下属得来的。隆科多若是忠诚的执行了康熙的遗诏，尚且不得活；如果是改诏的话，哪里还会有他的活路呢？怪不得隆科多说自己白帝城受命之日，即位死期开始之时。看来，是康熙把他给害苦了。