但是好景不长，隋炀帝施行暴政，多有失德，萧皇后多次劝谏都无济于事。最后大将军宇文化及发动宫廷政变，导致隋炀帝被杀，萧皇后也被俘虏。后来窦建德打败宇文化及,迎回了萧皇后，把她占为己有。

当年远嫁东突厥的萧皇后的小姑义成公主打听到了她的消息后，就请求大汗派遣使者去窦建德那里要人。窦建德迫于形势，只好把萧皇后一家大小放了。就这样，萧皇后又辗转来到了东突厥，和隋炀帝的孙子居住在定襄。那时李渊已经建立了唐朝。

十几年后，“天可汗”李世民当上皇帝以后，开始对东突厥用兵，很快就消灭了东突厥。李世民迎回了萧皇后，当时她已经是半老徐娘了。萧皇后的一生可谓是身若浮萍，在盛世与乱世交替中挣扎求存，颇为辛苦。

萧皇后逝世之后，李世民以皇后的礼仪将她与隋炀帝葬在了一起，谥号为愍。